En la madrugada del 5 de septiembre, comandos de una facción de la OLP (Organización para la Liberación de Palestina) llamada Septiembre Negro (llamado así por el mes de septiembre de 1970, en que los soldados jordanos derrotaron a guerrilleros palestinos), treparon las vallas de protección que protegían la Villa Olímpica de Munich. Alguien del personal de limpieza de la Villa los vio, pero como iban vestidos con equipos deportivos pensó que eran deportistas que regresaban de una noche de juerga, algo bastante habitual. Una vez en la Villa, se pusieron pasamontañas en sus cabezas y se dirigieron a las habitaciones donde descansaban los atletas olímpicos de Israel, en el edificio 31 de la Connally Strasse. Allí mataron a dos deportistas (un levantador de pesas y un entrenador de lucha) que trataron de impedirles la entrada. Uno de ellos se despertó al oír que se abría la puerta y que hablaban en árabe. Esa primera resistencia alertó a los deportistas y posibilitó la huida de catorce compatriotas. Finalmente, los terroristas tomaron a otros nueve atletas como rehenes.
Poco después, cientos de policías rodeaban la Villa Olímpica y los comandos dieron a conocer sus exigencias: pedían la liberación de doscientos guerrilleros presos en cárceles israelíes y de dos extremistas de izquierda presos en Alemania Occidental. La primera ministra israelí, Golda Meir, se negó a acceder a tal reclamo.
Los alemanes comenzaron una negociación con los terroristas, que no aceptaron hablar con un representante de la Liga Árabe enviado a negociar con los terroristas. Los terroristas palestinos hicieron saber que no pensaban rendirse y que estaban dispuestos a todo; para demostrarlo, los atacantes castraron a uno de los israelíes antes de que matarlo a tiros y arrojaron el cuerpo de otro a la calle; también rechazaron de plano la propuesta de los negociadores que pidieron intercambiarse ellos mismos por los rehenes. Siguió una larga negociación con las autoridades de Alemania Occidental, gran parte de la cual se pudo seguir en vivo por televisión. En un momento dado, a dos de los rehenes se les permitió tener una breve conversación con las autoridades alemanas a través de una ventana del segundo piso para demostrar que estaban vivos, aunque cuando uno trató de responder a una pregunta fue golpeado en la cabeza con la culata de un rifle.
Finalmente, los terroristas (armados con pistolas Tokaev y rifles de asalto AKM -ambas armas de origen soviético-, revólveres, cuchillos y granadas) aceptaron prolongar los plazos de negociación y también aceptaron la propuesta de trasladarse a El Cairo con sus rehenes.
Por la noche, luego de todo un día de tensión máxima, dos helicópteros condujeron a los secuestradores y a sus víctimas hasta un aeropuerto militar (Fürstenfeldbruck) donde los esperaría un avión de Lufthansa. El plan era emboscar a los terroristas en el aeropuerto, pero todo salió mal. Los designados al frente de la operación de rescate no tenían experiencia antiterrorista, los francotiradores no eran tiradores de élite y el ataque no fue bien coordinado. Cuando los terroristas comprobaron que el avión estaba vacío y se dirigían de regreso a los helicópteros, se iluminó la pista y los francotiradores abrieron fuego. Los terroristas contestaron el fuego, tiraron una granada dentro de uno de los helicópteros y ametrallaron al otro.
Murieron cinco terroristas, un policía, un piloto y todos los rehenes. La masacre de Munich conmovió al mundo, dio a la causa palestina una audiencia mundial y marcó el comienzo de una nueva era de terrorismo global.
Los juegos se suspendieron durante 34 horas. Sin embargo, a pesar de las fuertes críticas (muchas críticas pero ninguna delegación se volvió a casa, eh), el Comité Olímpico tomó la decisión de continuar con la programación estipulada de los Juegos, decisión en la que tuvo gran influencia el presidente del Comité Olímpico Internacional (COI), Avery Brundage, quien ya enfrentaba cargos de antisemitismo. Sólo 44 años después, el COI finalmente conmemoró a las víctimas antes de los Juegos de Río 2016.
Los atletas israelíes que escaparon al atentado regresaron a su país. Luego de la masacre, Israel bombardeó campos palestinos en Siria y Líbano y Golda Meir creó una unidad especial de la Mossad de Israel para perseguir y eliminar a todos los involucrados directa o indirectamente en la masacre. La película “Munich”, de Steven Spielberg, es la historia secreta de la operación encubierta de ese “escuadrón de la muerte” de la Mossad que ejecutó la venganza sobre los autores intelectuales y cómplices de la matanza de Munich.
