La muerte de Tito en 1980 dio paso a crecientes tensiones étnicas por toda Yugoslavia, especialmente en Kosovo. La provincia de Kosovo, con dos millones de habitantes, es una de las regiones más pobres de Europa. La etnia del 90% de sus habitantes es albanesa, de mayoría musulmana; hay doscientos mil serbios, eslavos y de religión cristiana ortodoxa. ¡Ah! Y ambas partes se odian. Los albanokosovares (muchos más en cantidad) realizaron campañas de protesta para lograr su secesión de Serbia, mientras los serbios (muchísimos menos) protestaban por lo que consideraban una creciente discriminación y violencia étnica, y reclamaban igualdad de derechos políticos en Kosovo.
El odio entre ellos se remonta al siglo XIII, cuando los turcos (precursores de los kosovares) derrotaron a los serbios, los desplazaron hacia el norte e introdujeron es Islam en la región, que quedó en manos de los albaneses. Kosovo pasó a formar parte de Serbia después de las guerras balcánicas de 1912 y 1913 y de la desaparición de Turquía como potencia europea al modificarse el mapa de la región. Durante toda la década de los 80 aumentaron los sentimientos nacionalistas en ambos bandos.
La escalada de malestar culminó en el revocamiento de la autonomía (una especie de autogobierno que Kosovo mantenía desde hacía años) por parte del gobierno central de Serbia en 1989, seguido por una declaración de independencia de Kosovo en 1991. Hacia esa época se produjeron diversos enfrentamientos entre el Ejército yugoslavo y las guerrillas del recién creado Ejército de Liberación de Kosovo (UCK, ELK como sigla en español). El ELK se formó en 1991 e inició su primera campaña en 1995 cuando lanzó ataques dirigidos a la aplicación de la ley serbia en Kosovo. En junio de 1996, el grupo se atribuyó la responsabilidad por actos de sabotaje contra las comisarías de policía de Kosovo. En 1997, la organización adquirió una gran cantidad de armas a través del contrabando de armas desde Albania.
A principios de 1998 los ataques del ELK dirigidos contra las autoridades yugoslavas en Kosovo aumentaron la presencia de fuerzas militares y paramilitares serbias, que mataron entre 1.500 y 2.000 civiles y combatientes del ELK. Esto despertó el interés de la comunidad occidental. A continuación, el presidente serbio Slobodan Milosevic respondió a la muerte de dos policías serbios con lo que resultó una verdadera masacre en Prekaz, en la que hubo 72 muertos. Ahí la escalada explotó, la represión se extendió a todo Kosovo y tomó forma de una “limpieza étnica”.
La guerra de Kosovo (en realidad, el último y prolongado episodio bélico de una prolongada historia de guerra en la región) se prolongó entre finales de febrero de 1998 y el 11 de junio de 1999. En él se enfrentaron las fuerzas de la Federación Yugoslava (que en este momento estaba compuesta por las Repúblicas de Serbia y Montenegro), que controlaban Kosovo antes de la guerra aún permitiéndole cierto grado de autonomía, y el mencionado Ejército de Liberación de Kosovo (UCK).
Después de que fracasaran los intentos de encontrar una solución diplomática, la OTAN justificó la campaña en Kosovo como una “guerra humanitaria”. Más aún, entre el 24 de marzo y el 10 de junio de 1999 las fuerzas de la OTAN realizaron continuos bombardeos contra objetivos yugoslavos con el pretexto de evitar las limpiezas étnicas; asimismo, el ejército albanés daría apoyo terrestre a las fuerzas albano-kosovares.
La guerra terminó con el Tratado de Kumanovo. Finalmente, las fuerzas serbias aceptaron retirarse de Kosovo. Con el fin de dar paso a una solución pacífica al conflicto, el 10 de junio de 1999 el Consejo de Seguridad de la ONU aprobó la Resolución 1244, adoptada más tarde tanto por Yugoslavia como por la OTAN. En el marco de lo establecido en el documento, el territorio de Kosovo se mantuvo dentro de las fronteras de Serbia, aunque administrado de forma provisional por la una misión especial de la ONU. La seguridad de la región y la supervisión del alto el fuego recayeron en la fuerza internacional KFOR (“Kosovo Force”).
Pese a esto, en el territorio bajo su control han tenido lugar múltiples actos de venganza. El más relevante sucedió en marzo de 2004, cuando grupos albaneses realizaron en Kosovo redadas contra la población serbia, quemando 800 hogares y 36 iglesias. Dieciséis civiles fueron asesinados por la multitud y cerca de 4.000 personas se vieron obligadas a abandonar sus viviendas.
El Ejército de Liberación de Kosovo se disolvió poco después del final del conflicto y sus miembros se desperdigaron en otras organizaciones armadas, entre ellas el Ejército Nacional de Albania (ENA) y la Policía de Kosovo.
En 2001, un Tribunal Supremo administrado por la ONU con sede en Kosovo determinó que hubo una campaña planeada y sistemática de terror, asesinatos y violaciones por parte de las fuerzas yugoslavas con el objetivo de erradicar a la mucho más numerosa población albanesa de la provincia de Kosovo.
Durante este conflicto, que duró un año y medio, murieron o desaparecieron más de 13.500 personas. Las fuerzas yugoslavas y serbias causaron el desplazamiento de entre un millón y un millón y medio de albaneses fuera de Kosovo. Serbia se convirtió en el hogar del mayor número de refugiados y desplazados internos en Europa.