Reinhard Heydrich, segundo de las SS detrás de Heinrich Himmler y su hombre de mayor confianza, convoca y organiza la reunión con el fin de debatir la “solución final al problema judío en Europa”. La “Solución Final” era el nombre en código que utilizaban los nazis para designar la destrucción deliberada y cuidadosamente planeada (el genocidio, ni más ni menos) de todos los judíos de Europa.
La Conferencia de Wannsee, como se la conoce históricamente, no marcó el comienzo de la “Solución Final”. Los nazis ya estaban matando brutalmente a los judíos en Polonia y en la Unión Soviética ocupada. En todo caso, la Conferencia de Wannsee fue el lugar en donde la “Solución Final” fue revelada formalmente a los líderes que no eran nazis y que ayudarían a organizar las operaciones necesarias para que los judíos de toda la Europa bajo ocupación alemana fueran trasladados a campos de “exterminio” operados por las SS y ubicados en Polonia. Ni uno solo de los hombres presentes en Wannsee objetó la política anunciada; nunca antes un estado moderno se había propuesto asesinar a un pueblo entero.
La ideología nazi y sus paradigmas de antisemitismo y pangermanismo necesitaban abocarse a resolver organizadamente ambas cuestiones; para ello, había que eliminar a los judíos y obtener una expansión territorial que permitiera a Alemania extender el espacio para la gente aria, lo que buscó atacando a Polonia y a la URSS.
La discriminación contra los judíos, que había comenzado bastante tiempo atrás pero se llevaba a cabo al margen de la ley, fue oficializada en Alemania tras la toma del poder por parte de los nazis. Las leyes promulgadas desde entonces comenzaron a excluir a los judíos de la vida cotidiana, de la profesión legal, del servicio civil, y del derecho a ejercer otras profesiones. El régimen empleó tanto la violencia como la presión económica para instar a los judíos a abandonar el país voluntariamente. Se prohibió la entrada de los negocios judíos al mercado y la publicidad de los mismos en los periódicos, mientras que los judíos vieron negada la posibilidad de obtener contratos gubernamentales. Los ciudadanos judíos sufrieron hostigamientos, ataques violentos y boicots a sus comercios.
En septiembre de 1935, esto se profundiza aún más: se aprueban las Leyes de Nuremberg. Estas prohíben los matrimonios entre judíos y personas de origen germánico y las relaciones extramatrimoniales entre judíos y alemanes. La ley indicaba que solo aquellos que tuviesen sangre alemana podían ser considerados ciudadanos. En consecuencia, los judíos, junto con otros grupos marginales, fueron despojados de su nacionalidad alemana. “Nosotros decimos quién es ario y quién no”, decía Göering. Un decreto suplementario emitido en noviembre definía como judío a cualquiera que tuviera al menos tres abuelos judíos o, en el caso de que el sujeto fuese seguidor de la fe judía, bastaba con tener dos. Al comienzo de la Segunda Guerra Mundial, alrededor de 250.000 judíos abandonaron Alemania.
En el invierno de 1941-1942, un gran número de judíos deportados de Alemania eran fusilados apenas llegaban a sus destinos en Europa oriental. Estas matanzas, sin embargo, se desarrollaban según decisión de los comandantes locales de la SS, sin que se dictara ninguna orden general o específica sobre preservación o exterminio de judíos. La decisión sobre quién vivía y quién moría todavía dependía notablemente de la autonomía regional y de la conveniencia logística (escasez de alojamiento y comida o ee mano de obra), mientras se seguían masacrando a los judíos no aptos para trabajar.
A los líderes nazis (Hitler-Himmler-Göering) se les ocurrió entonces dar un paso más: ordenar la transición desde el asesinato arbitrario y regional hacia la muerte impuesta por orden directa de la autoridad máxima, cumpliendo así una política de exterminio total y eficiente. La implementación del programa de genocidio fue confiada al subjefe de la SS Reinhard Heydrich.
El 29 de noviembre de 1941, Heydrich envió invitaciones para la celebración de una conferencia ministerial, la cual tendría lugar el 9 de diciembre. No obstante, unos días antes se decidió el cambio de la sede a la que sería la definitiva, una mansión muy cerca de allí, en Wannsee. Ocurrió que entre la fecha de la emisión de las invitaciones a la conferencia (29 de noviembre) y la fecha fijada para la primera reunión, la cual sería cancelada (9 de diciembre), la situación de la guerra tuvo cambios importantes: el 5 de diciembre, el Ejército soviético inició una contraofensiva cerca de Moscú, desbaratando los planes alemanes de llevar a cabo una rápida conquista de la Unión Soviética; dos días más tarde, se produjo el devastador ataque japonés en Pearl Harbor, lo que provocó la entrada en el conflicto por parte de los EEUU. En respuesta a este hecho, los alemanes declaran la guerra a EEUU el 11 de diciembre. Algunos de los invitados a la reunión se encontraban inmersos en estas preparaciones, por lo que Heydrich se vio obligado a aplazar la reunión.
Alrededor de estas fechas, además, Hitler decidió que los judíos europeos tenían que ser exterminados inmediatamente en lugar de después de la guerra, a la cual no se le veía un final cercano. El líder nazi se juntó con los oficiales más importantes del partido y expuso sus intenciones. La guerra estaba aún en curso y, considerando que el transporte de hordas de personas a través de zonas en combate era imposible, Heydrich decidió que los judíos que viviesen en el área polaca bajo ocupación alemana tenían que ser exterminados en los campos de exterminio situados en tierra polaca; con los judíos del resto de Europa se haría lo mismo.
El 8 de enero de 1942, Heydrich envió de nuevo las invitaciones para una reunión fijada para el 20 del mismo mes. El lugar elegido para la conferencia fue una villa situada en el 56-58 de Am Groben Wannsee, con vistas al lago Wannsee. Además, adjuntó una copia de la carta que le había escrito Hermann Göering (junto a Himmler, uno de los dos convocantes a resolver el asunto), en la que le había autorizado para planear la “solución final a la cuestión judía”. Los ministerios que tendrían representación en la reunión serían el de Interior, la Cancillería (Martin Luther), el de Justicia (Roland Freiser), el del Plan de los Cuatro Años (Erich Neumann), el de Propaganda y el ministerio del Reich para los Territorios Ocupados del Este (Alfred Meyer). Adolf Eichmann, de la Gestapo, era el lugarteniente de Heydrich en la organización de la reunión.