El Congreso de Santa Fe declaró temporariamente federalizada a la provincia de Entre Ríos, a cuya capital, Paraná, se trasladaron los congresales y Urquiza. El 22 de Octubre de 1853 iniciaron sus sesiones, allí, ambas cámaras del Congreso de la Confederación. En Febrero de 1854 Urquiza fue proclamado presidente. Lo acompañaba como vicepresidente un ex-unitario, Salvador María del Carril, ex-gobernador de San Luis, ex-ministro de Rivadavia e instigador del fusilamiento de Dorrego. Como estaba dispuesto a todo con tal de triunfar, del Carril llegaría a ser Presidente de la Corte Suprema de Justicia de la Nación. Su carácter se transparenta en una anécdota que relata Lucio Mansilla, a quien, “en una coyuntura luctuosa” del Carril le dijo tirando la pluma con desprecio: “señor don Lucio, si alguna vez llega usted a hallarse en una situación como la mía, no firme usted vilezas como esta”. Y agregó señalando la casa de Urquiza: “pero he estado emigrado tantos años, he pasado tantas miserias (ni he podido educar a mis hijos debidamente) que tengo horror a la pobreza… ¡y estoy en manos de esta fiera!” Según Mansilla del Carril era “un espíritu liberal tímido” que “protestando en lo íntimo, se dejaba arrastrar por los sucesos”…
En Mayo de 1854 Buenos Aires promulgó su nueva Constitución que se basaba en la constitución unitaria de 1826. Un amigo de los ex-unitarios, convertidos ahora en liberales, gobernaba el Uruguay. Era el general Venancio Flores, el cual, como se había hecho elegir presidente a pesar de tener la mayoría del pueblo en contra, se vio obligado a pedir ayuda a al Brasil. El emperador le envió a Flores un ejército de 4.000 hombres para que pudiera mantenerse en el poder. Así fue que Urquiza, deudor del Brasil, se encontró con que fuerzas de ese país apoyaban, del otro lado del Uruguay, a Flores, antiguo enemigo suyo. Además tenía que auxiliar a los federales que habían emigrado de Buenos Aires a Entre Ríos junto con Lagos.
A pesar de estos problemas la Confederación fue adelantando materialmente pero a un ritmo bastante menor que Buenos Aires. Durante años la libre navegabilidad de los ríos había sido un problema enconadamente discutido dentro y fuera del país. Las provincias del litoral, el Paraguay, los comerciantes extranjeros, y en menor grado también las otras provincias del interior, habían estado siempre a favor de la libre navegabilidad. En cambio todos en Buenos Aires, tanto los directoriales transformados en unitarios y luego en liberales, como los federales porteños, siempre estuvieron a favor de mantener cerrada la navegación a los barcos extranjeros, anteponiendo los intereses económicos de su ciudad a sus diferencias ideológicas.
La Confederación había declarado la libre navegabilidad de los ríos y procuró el desarrollo portuario de Rosario. Pero la poca profundidad del Paraná, la mayor velocidad de sus aguas y el aumento en el tonelaje de los barcos hizo que Buenos Aires continuara manteniendo su ventaja como puerto casi obligado para el comercio exterior.
Privado de los recursos de la aduana de Buenos Aires, Urquiza se vio obligado a recurrir a la emisión monetaria. Pero las entradas de la aduana porteña daban al papel moneda allí emitido un respaldo que no tenía el de la Confederación. Para hacerse de más fondos, en 1856 se impusieron mayores aranceles a los productos que pasaban antes por Buenos Aires en vez de ser desembarcados directamente en los puertos de las otras provincias.
Tratativas de Urquiza con el Brasil
La Confederación y el Brasil apoyaron al nuevo presidente del Uruguay, Antonio Pereyra, jaqueado por repetidos intentos revolucionarios fomentados desde Buenos Aires.
El 24 de Diciembre de 1857, cuando estaban mal las relaciones paraguayo-brasileñas, La Confederación firmó un protocolo secreto de ayuda mutua con el Brasil, que luego sería negado por Urquiza a pesar de su autenticidad. El Brasil prestaba 300.000 pesos fuertes a la Confederación y le prometía su apoyo contra Buenos Aires. Y en caso de guerra de Brasil con el Paraguay, la Confederación actuaría como “neutral tolerante”, no estando obligada “por los deberes de la neutralidad a obstar de cualquier manera que fuese el tránsito de las fuerzas brasileñas que se dirigieran para el territorio paraguayo”.
Pero cuando Derqui mandó un ultimátum a Valentín Alsina el 23 de Febrero siguiente, el Brasil no apoyó a la Confederación porque, mientras tanto, había solucionado sus problemas con el Paraguay acerca de la navegación fluvial.
Puede decirse que la política de Urquiza con el Brasil fue, en general, perjudicial para la Argentina. Privado de los ingresos aduaneros de Buenos Aires, carecía de dinero para pagar el empréstito del emperador del Brasil y quizás eso explique su debilidad, pero no la justifica. Por indicación de Urquiza, que estaba en su palacio de San José, el vicepresidente del Carril y el ministro del interior Derqui firmaron el 20 de Febrero 1858 un “Convenio Fluvial” y el 14 de Diciembre un “tratado de límites” que se basaba en el inicuo tratado de la permuta declarado nulo por Carlos III de España en 1761. El Congreso se negó a ratificarlo. El Dr. Vicente G. Quesada dijo: “Temo que el tratado… haya cedido parte del territorio argentino de Misiones. No sé que ideas cerradas hacen que celebremos tratados de límites cuando se ignora todo y no se tienen conocimientos especiales, geográficos e históricos”. Bouquet, diputado por Córdoba, denunció que se despojaba a la República de “cuatro mil quinientas leguas de territorio”.
La Constitución jurada había establecido que “en la Nación Argentina no hay esclavos, los pocos que hoy existen quedan libres desde la jura de esta Constitución” (artículo 19). Pero según el tratado firmado por del Carril y Derqui a instancias de Urquiza, el gobierno se comprometía a devolver “los esclavos que, contra la voluntad de sus señores, pasasen por cualquier motivo al territorio de la Confederación Argentina y se hallaren allí”. El reclamo podía ser hecho por el dueño del esclavo o por el gobernador de Río Grande del Sud. El diputado Bouquet expresó: “El tratado de límites nos despoja de una gran porción de territorio. El de extradición nos infama”.
En compensación de todo esto el gobierno de Brasil le prestaría ala Confederación otros 300.000 patacones, al 6% de interés, con las mismas condiciones que los 400.000 anteriores, es decir garantizados por las tierras públicas y rentas de las provincias de Entre Ríos y Corrientes. Felizmente el Congreso no aceptó los tratados propuestos.