Nació en el Fuerte de Buenos Aires, el 15 de agosto de 1810, que era residencia de sus padres, el brigadier general Cornelio de Saavedra y doña Saturnina de Otálora y del Rivero. Descendiente directo del criollo Hernandarias, lo bautizó el vocal de la Junta y cura rector de la parroquia de San Nicolás, presbítero Manuel Alberti, con el padrinazgo de otro vocal Juan Larrea. Los años de su niñez fueron duros, a raíz de las persecuciones que sufrió su padre, debiendo abandonar la ciudad para instalarse en San Juan. De regreso a Buenos Aires, recibió esmerada educación, y luego de dedicarse al comercio, pasó a la administración de los campos que aquél poseía en el “Rincón de Cabrera”, en Zárate. Allí permaneció hasta la epidemia del año 1830, que sumió a la miseria a los ganaderos del norte de la provincia. Vuelto a esta capital, contrajo matrimonio a los 20 años con doña Carmen Zavaleta, famosa por su belleza, el 21 de setiembre de 1832. Se hallaba entregado a la labor constante, para proveer a las necesidades de su hogar, cuando se inició la época de Rosas. Delatado como unitario fue perseguido: escapó en dos oportunidades gracias a la amistosa intervención de don Simón Pereira y a la de su pariente y amigo, el norteamericano Carlos Rigdley Horne, quienes lo protegieron en su fuga hacia Montevideo donde se estableció.
Después de Caseros regresó a Buenos Aires para iniciarse en la vida pública. Fue miembro de la Municipalidad porteña desde su creación en 1856, diputado provincial, miembro de la Convención en 1860, senador a al Legislatura, director y presidente del Banco de la Provincia durante 10 años, y de la Casa de Moneda. Al presentar el general Mitre su renuncia por haber sido elegido para desempeñar la primera magistratura nacional, fue electo para completar el período de aquel desde el 15 de octubre de 1862 al 2 de mayo de 1863. Una vez terminado dicho período se lo re eligió para ocupar nuevamente la dignidad de gobernador desde esta última fecha hasta el 3 de mayo de 1866. Como ministros actuaron en ambos períodos: Mariano Acosta, en gobierno, y Lula L. Domínguez, en Hacienda. Fue un gobernante de múltiple y fecunda acción, habiendo fundado numerosos pueblos en la campaña de la provincia, como Saladillo (31 de julio de 1863); Tapalqué (7 de noviembre de 1863 y 17 de abril de 1864); General Lavalle (1º de febrero de 1864); Nueve de Julio (12 de febrero de 1864); Mar Chiquita (25 de noviembre de 1864); Tres Arroyos (3 de abril de 1865); Guardia Nacional – después Chacabuco – (5 de agosto de 1865) y Lincoln (19 de junio de 1865), en homenaje al gran presidente norteamericano Abraham Lincoln. Autorizó también la fundación del pueblo de General Rodríguez: llevó a cabo la creación del partido de General San Martín: ordenó la mensura de los ejidos de Azul y de Junín: dispuso la formación del Registro Gráfico de los partidos de San José de Flores y San Isidro: fijó el ejido de Morón y declaró ciudad a la Villa de Mercedes.
Trabajo de gran aliento y fundamental importancia fue la formación del “Registro Gráfico de las Propiedades Rurales de la Provincia de Buenos Aires” que, en 1864, llevó a término el Departamento Topográfico de la provincia. La ley de división de la campaña al interior del Salado, del 25 de octubre de 1864, fue reglamentada por decreto que fijó los límites de los 45 partidos correspondientes de la provincia. Su obra civilizadora se complementó con el impulso de las líneas férreas. La contratación con la empresa británica que explotaría el Ferrocarril Sud dejó el ejemplo de su firme conducta al aclarar en carta a Mitre – dice el historiados Gelly y Obes – su oposición al transigir con las exigencias inglesas acerca de los intereses que debían redituar los capitales aplicados a la construcción de la nueva línea. Al término de las negociaciones de la empresa, ésta le remitió un servicio de mesa de plata que Saavedra rechazó agradeciendo esa atención, y formulando consideraciones acerca de lo que entendía que era el pundonor de los hombres públicos. Contrató e inauguró las obras del Ferrocarril del Sud, prolongó las del Ferrocarril del Oeste desde Floresta hasta Chivilcoy, y las del Ferrocarril del Norte hasta Tigre, todas puestas bajo la jurisdicción del gobierno porteño. Todo esto se complementó con una sabia legislación sobre tierras públicas y colonización. Desarrolló la agricultura y la radicación del inmigrante. Reglamentó la venta y arrendamiento de tierras públicas en Chivilcoy; estableció el procedimiento a seguir para obtener la propiedad de los terrenos de quintas y chacras en los ejidos de los partidos de campaña, y autorizó a las municipalidades de Bahía Blanca y Patagones para repartir en propiedades solares, quintas y chacras a los que la solicitasen. En cuanto a las tierras del Estado en zonas de frontera, se dispuso su distribución hasta en una cuarta parte de su extensión, dando como plazo el de un año para poblar esos campos. Arregló las finanzas de la provincia, y en materia de conversión de la moneda con la colaboración del ministro de hacienda Dr. Domínguez, dispuso fijar un tipo de cambio en relación con el oro, amortizando emisiones anteriores. La austeridad fue la tónica de su gobierno, como que el mandatario había renunciado a sus sueldos.
En el aspecto cultural y educativo creó el Consejo de Instrucción Pública (3 de octubre de 1864), que debía tomar a su cargo la dirección de la enseñanza primaria. Dio impulso a la apertura de numerosas escuelas de primeros años en la capital de la provincia y en los partidos de campaña, dotándolas de edificios propios. Creó el Departamento de Ciencias Exactas de la Universidad con profesores contratados en Europa, y redactados por Luis J. de la Peña se sancionaron los estatutos de la Escuela Normal de Preceptores. El Museo de Ciencias Naturales fue organizado por Germán Burmeister. Correspondió finalmente al gobierno de Saavedra la aprobación e implementación, en enero de 1865, del “Reglamento de la Universidad de Buenos Aires”, primer estatuto orgánico que la misma tuvo. En los momentos difíciles de la guerra contra el Paraguay contribuyó con su fortuna personal, financiando un empréstito por 200.000 pesos fuertes para hacer frente a los gastos más urgentes. Obtuvo además del Banco de la Provincia un préstamo a favor del gobierno nacional por 5 millones de pesos para atender los primeros gastos de la guerra. Desde Corrientes, en 1865, el general Emilio Conesa le agradeció los donativos que enviara en favor de los heridos en el frente. Durante los cuatro años de su actuación en el gobierno representó al Autonomismo naciente. Mereció críticas y ataques arteros, escribió un biógrafo suyo, alguna vez se pidió su renuncia, y como bien lo dijera en carta a Héctor F. Varela se limitó a contestar con hechos que son las respuestas más elocuentes. Fue un personaje reposado, contemporizador y admirador del general Mitre, más interesado por una política conciliadora con el gobierno nacional, sin caer en servilismos que pudieran desdibujar su perfil propio. Después de su administración formó parte de la sociedad que originó el Banco Nacional, en 1872. Al año siguiente, con la pérdida de su esposa se alejó de la función pública. Sin embargo, fue electo diputado nacional (1873-76), cargo al que renunció en 1874. Le tocó a Vicente Fidel López, en el seno de la Cámara de Diputados hacer público otro gesto enaltecedor suyo, pues como legislador fue el autor de la moción para poner en pie de guerra al país frente al peligro de un conflicto con Chile.
Los últimos años de Saavedra transcurrieron en su aislamiento voluntario repartido entre su señorial casa de la calle Parque (hoy Lavalle) y su quinta cerca del río, conocida como residencia presidencial. Pensó en ordenarse de sacerdote, pero la muerte interrumpió sus deseos, falleciendo en Buenos Aires el 9 de febrero de 1883. En su testamento solicitó que acompañaran sus restos a la última morada solamente sus hijos y sus nietos, debiendo ser muy sencillo su entierro, como lo fue el de su ilustre padre. Mariano Saavedra pidió que sus cenizas se confundieran con la de su esposa. Figura consular y venerable, fue un porteño bien definido, fiel intérprete de la “actualidad política”, como decía la prensa de la época, surgida de la batalla de Pavón. Su archivo particular lo poseyó el Dr. Carlos Saavedra Lamas.