Graduado en Antropología en 1906, comenzó a realizar investigaciones sobre la genética humana naciente del famoso precursor Gregor Mendel, en las colonias alemanas en el suroeste de África (actual Namibia). Realizó experimentos directos con hijos de Padres mixtos, por ejemplo, padres alemanes y mujeres africanas nativas (años ochenta). Ya en estos contextos, Fischer comenzó a utilizar métodos poco éticos, especialmente en las tribus africanas locales Herero y Nama. Los estudios terminaron en 1910 con un llamamiento mundial para evitar la continuación de una “raza mixta” , y por lo tanto la prohibición del matrimonio interracial. En los años siguientes continuó llevando a cabo experimentos médicos con prisioneros de guerra Africanos en campos de concentración en el África sudoccidental alemana; en retrospectiva, esto se llamó un verdadero genocidio. En 1930 se convirtió en director del Instituto de Antropología Kaiser Wilhelm Berlin, resumiendo todos sus estudios médicos de Genética Humana al servicio del partido nazi, con el objetivo de lograr la pureza de la “raza superior” , y dando vida y luego a señalar la eugenesia nazi. Por sus servicios, Fischer fue nombrado directamente por Adolf Hitler como rector de la Universidad William Frederick (ahora Humbold) en Berlín en 1933. En el período de dos años 1937-1938, con sus colegas, analizó a unos 600 niños en Renania, descendientes de soldados africanos de las colonias francesas y mujeres alemanas, y luego los esterilizó. En ese momento también comenzó los primeros experimentos con mestizos europeos, por ejemplo gitanos y cagots.
Fischer se unió oficialmente al partido solo en 1940, en medio de la Guerra Mundial. En los campos de concentración nazis contribuyó al estudio de la eugenesia Nazi, a través de las determinaciones de los orígenes raciales, inventando la llamada “escala Fischer-Saller” . Esta escala se basó en los colores del cabello; gradaciones de rubio = de A A J, gradaciones de marrón = de K A V, y marrón oscuro y negro hasta la letra Z, luego gradaciones de rojo con la numeración romana de I A VI. se llevaron a cabo experimentos médicos en prisioneros vivos (gitanos, judíos y africanos), llevando a cabo numerosas mediciones de sangre, tejido e invasivas de sus cráneos. Fischer se casó con else Walter, con quien tuvo tres hijos. Fischer se retiró del nazismo y de la Universidad a principios de 1943, pasando todo su trabajo al más conocido de la historia de su alumno Joseph Mengele, llamado El “Ángel de la muerte” . De esta manera, Fischer también logró escapar de las condenas por genocidio después de la Segunda Guerra Mundial; solo muchos años después los historiadores lograron definir su papel principal en el programa de exterminio o Tortura racial. Todavía en 1949, Fischer fue considerado un profesor estimado, también celebró conferencias sobre antropología, manteniendo bien oculto sus métodos poco éticos sobre los prisioneros en la era Nazi. Resumió todos sus estudios solo alrededor de 1960, junto con sus colaboradores Erwin Baur y Fritz Lenz (si nos referimos al texto los principios de la herencia humana y la higiene racial, esto debería haber sido escrito antes de 1960, incluso antes de la llegada de Hitler al poder). Al mismo tiempo, se trasladó a la vida privada cerca de Breisgau, en el corazón de la Selva Negra.
