La escuadra de la Confederación se hallaba por entonces en Montevideo armando algunos de sus buques; hasta mediados de 1859 la flotilla de Buenos Aires predominaba en los ríos; el Guardia Nacional recorría el Uruguay con fuerzas de desembarco y el General Pinto y el Buenos Aires se hallaban frente al Paraná al mando del almirante Murature para impedir el paso de fuerzas de la Confederación, que había ordenado a su escuadra que avanzase desde Montevideo forzando el paso de Martín García.
En la mañana del 7 de julio, la tripulación del General Pinto se sublevó al grito de ¡Viva la Confederación Argentina!; a su bordo se encontraba Alejandro Murature, comandante del Buenos Aires. Murature quiso contener a los amotinados pero fue muerto en la lucha; el almirante, su padre, resultó también herido. El Buenos Aires huyó precipitadamente y los amotinados entregaron el General Pinto a las autoridades nacionales. Con ese hecho, Urquiza pudo pasar sus fuerzas tranquilamente a la ribera santafesina.
Urquiza albergó en su propia casa al coronel Murature y ordenó que se celebrasen con toda pompa las exequias del hijo muerto.
Murature pudo restablecerse de sus heridas y era natural que quedase ligado por la gratitud a Urquiza, a pesar del estado de guerra en que se encontraban.
La escuadra de la Confederación, a las órdenes del coronel Mariano Cordero, se aproximó el 14 de octubre a la isla de Martín García, fortificada y sostenida por el Guardia Nacional, el Buenos Aires y el Yerud, al otro lado del canal. El jefe de la isla, coronel Martín Arenas, ordenó romper el fuego con las baterías de la isla, mientras hacían lo mismo los barcos porteños.
El combate fue sostenido por las unidades federales, que consiguieron cruzar el canal a costa de muchas pérdidas de vidas y con casi todos los jefes heridos: Bartolomé Cordero, Augusto Liliedal y Augusto Lasserre.
La escuadra de la Confederación se componía de los siguientes buques: Salto, al mando de Santiago Baudrix; Hércules, al mando de Bartolomé Cordero; Menay, al mando de Alvaro de Laberge; Concepción, al mando de Augusto Liliedal; la goleta Argos, al mando de Julio Fonrouge.
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