El 1° de abril de 1810, la pareja se casó, y a pesar de ser un matrimonio por conveniencia, Napoleón se encariñó con la joven, aunque ésta después de la caída en desgracia de su cónyuge, poco se acordó de quien había llegado a dominar la mitad de Europa.
María Luisa había nacido en Viena el 12 de diciembre de 1791, hija del archiduque Francisco I de Austria y María Teresa de Nápoles y Sicilia. Por parte de padre era sobrina nieta de María Antonieta, razón por la cual odiaba a Francia y sus ideas igualitarias. Esta aversión se profundiza cuando su familia debió huir de Viena en 1805, hostigada por quien sería su marido. Después de un tiempo en Hungría volvieron a la capital del imperio austrohúngaro para deber escapar, una vez más, en 1809 por una nueva derrota infligida al ejército de esta nación por el genio de Napoleón. La única forma de detener las sucesivas derrotas a los ejércitos austríacos era este matrimonio que interesaba al emperador Francés. Era importante para Napoleón tener un hijo con una Habsburgo (una de las casas reinantes más vieja del continente), a fin de que su heredero fuese aceptado por las demás monarquías europeas.
De esta relación nació Napoleón François Joseph Charles Bonaparte, llegado a este mundo en París, el 20 de marzo de 1811. El joven pasaría a la historia como “El Aguilucho”, designado desde pequeño como “El Rey de Roma”. Después de la abdicación de Napoleón (quien hasta último momento trató de preservar los derechos sucesorios de su hijo) tanto María Luisa como el Rey de Roma fueron llevados a Viena, donde este Napoleón II era llamado Franz para olvidar el nombre de su padre, que tantos momentos aciagos le había hecho vivir a los austríacos. La tuberculosis que minó sus pulmones, le impidió continuar con sus aspiraciones imperiales, y lo llevó a una muerte precoz a poco de cumplir sus 21 años. Si bien Napoleón II no se casó ni tuvo descendencia oficial, algunos investigadores especulan que podría ser el padre del Príncipe Maximiliano, futuro emperador de México.
Mientras tanto, su madre inició una relación sentimental con el general Adam Adalbert von Neipperg, noble de origen suabo que había perdido un ojo peleando contra los franceses. El Congreso de Viena lo nombró administrador de los ducados italianos (Parma, Plasencia y Guastalla) cedidos a María Luisa y su hijo.
Neipperg se había ganado la confianza de la esposa de Napoleón cuando fue designado para escoltar a María Luisa y su hijo a Viena. Lo cierto es que no parece haber sufrido por la pérdida del hombre. La relación evolucionó hacia la intimidad que culminó con el nacimiento de dos hijos ilegítimos.
Después de la muerte de Napoleón, ambos contrajeron nupcias el 7 de setiembre de 1821.
A la muerte de Neipperg, en 1829, fue designado administrador de los ducados italianos el Conde Charles-René de Bombelles, con quien María Luisa volvió a casarse en 1834.
La ex emperatriz de Francia, no contestó jamás las cartas que Napoleón le escribía, sea por propia voluntad o porque estas no le llegaban interceptadas por la Corte Austríaca, lo cierto es que no parece haber sufrido la pérdida del hombre que la había llevado al trono de Francia. Murió el 17 de diciembre de 1847.
