Don Francisco Fernández de Bobadilla, caballero de la Orden de Calatrava y hermano de la marquesa de Moya y Peñaloza fue nombrado juez pesquisidor por los Reyes Católicos para averiguar qué había de cierto en las acusaciones contra el almirante Cristóbal Colón y sus hermanos.
A oídos de la corona habían llegado noticias de sus venalidades, de la ocultación de quintas reales de perlas y oro, además de reducir a esclavitud a los aborígenes de las Indias. Eran muchas las voces que se alzaban contra los hermanos. Francisco Roldán, caballero de la corona, se había sublevado contra la prepotencia de Bartolomé Colón, reclutando a la mitad de los hombres que habitaban La Española. A su vuelta de Europa, Cristóbal firmó un pacto con Roldán que calmó las inquietudes, pero no llegó a sosegar los ánimos, ya que los dedos acusadores continuaban señalando a los hermanos Colón.
Fue entonces que los Reyes encomendaron a Bobadilla investigar qué pasaba en sus nuevas posesiones y en agosto del año 1500, partió de España llevando consigo 500 hombres por si el almirante y los suyos optaban por hacer las cosas más difíciles.
En Santo Domingo el juez pesquisador recopiló gran cantidad de quejas que señalaban a Diego y Bartolomé como pésimos administradores, autoritarios y venales. Cuando Cristóbal llegó a La Española no opuso resistencia a los requerimientos de Bobadilla y aceptó mansamente su suerte, invitando a sus hermanos deponer cualquier actitud hostil, dado su agradecimiento y fidelidad a los reyes y especialmente a Isabel. En octubre de ese año fue enviado al continente encadenado y con grilletes (debidamente acolchados para evitar herir los tobillos del gran navegante) para rendir cuenta de sus actos.
Al llegar a España, los Colon fueron entregados al obispo de Burgos, encargado de dirigir los negocios en América y enemigo declarado de don Cristóbal. Al parecer, lo que más había indispuesto a los monarcas en contra del almirante, era el envío de aborígenes en condición de esclavos para su lucro personal. Después de las disculpas del caso y actos de contrición, Cristóbal Colón fue liberado y las acusaciones que sobre él pesaban fueron obviadas aunque jamás desmentidas.
Mientras esto acontecía en el Viejo Continente, en el Nuevo (donde aun desconocían su novedosa condición) Bobadilla hacía que los aborígenes trabajasen en los yacimientos de oro en Haina y Cibao, malgastando rentas y tributos reales (una costumbre que se volvería epidémica entre los funcionarios de las colonias) y subastando los bienes del almirante, a la vez que alentaba críticas e injurias contra éste.
Por dos años Bobadilla hizo y deshizo a su antojo hasta que Nicolás de Ovando, comendador de Lares, fue designado nuevo gobernador de La Española donde llegó al frente de una armada colonizadora. Entre sus muchos integrantes se contaba un joven oriundo de Trujillo llamado Francisco de Pizarro, pariente lejano de un tal Hernán Cortés.
Ovando respetó a los aborígenes americanos, pero fue el primero en traer esclavos africanos para el cultivo y explotación de la caña de azúcar.
Después de la aciaga experiencia de su prisión, Colón comprendió la importancia de la imagen y a fin de mejorar la suya, pidió a su amigo Pedro Mártir que redactase una biografía oficial. También donó una generosa suma a la ciudad de Génova (de donde se dice que era oriundo, aunque abunden las teorías alternativas que lo niegan) para ganarse el favor de los mercaderes locales y financiar el nuevo viaje del almirante a sus posesiones trasoceanicas.
Partió Colón de Sevilla y después de hacer escala en las Canarias, exploró las costas del Caribe ya que le estaba prohibido recalar en La Española. Desde su nave Colón vio como llegaba Nicolás de Ovando y partía Francisco de Bobadilla a la vez que un huracán de esos que arrastran todo a su paso, se avecinaba. Colón sabía que no era sabio embarcar en tales condiciones, aunque su enemigo se empecinara en partir.
¿Quiso Colón advertirle sobre el peligro o fue esta una venganza política, de esas que cada tanto ofrece el destino? No hay constancia de una u otra opción. Lo cierto es que Bobadilla murió víctima de esta furia de los cielos mientras Colón siguió navegando por el Caribe azul.
El Nuevo Mundo pronto sería solo el nuevo reflejo de viejos males.