Pertenecían a una familia de escasos medios, sin embargo, obtuvieron una excelente educación para la época. Juan Cruz Varela estudió en el Colegio Montserrat de Córdoba. Destinado a tomar las órdenes religiosas, finalmente estudió derecho, aunque no llegó a graduarse. La poesía lo acaparó. Escribió versos satíricos, y también relatos épicos sobre las hazañas de San Martín. Entre sus obras se encuentra Dido, Reina de Cartago, inspirada en la Eneida, de indiscutible corte clásico y su drama en cinco actos, Argia, que transcurre en el palacio de Creon en Tebas. Su obra completa fue reunida en una edición de 1879, cuarenta años después de su muerte.
Miembro del Congreso Constituyente de 1826, trabajó con Martín Rodríguez y Rivadavia, a quienes apoyó desde su tribuna de periodista. Fundó y redactó El centinela, El Tiempo y Mensajero argentino (éste último, durante la gobernación de Lavalle). La prensa opositora lo acusó de negociados que no pudieron demostrarse.
Varela y Salvador María del Carril convencieron a Juan Lavalle que la muerte de Dorrego derrotaría al federalismo y la carta, que debería haberse destruido, quedó como testigo de su instigación. Con la muerte de Dorrego se rompió la efímera unión nacional con una guerra civil que duraría más de veinte años y obligaría a Varela y sus hermanos a ir al exilio en Montevideo, huyendo del castigo de Rosas.
Juan Cruz Varela murió el 23 de enero de 1839. Entonces tan solo tenía 44 años.
Su obra poética es, según algunos autores, la primera obra de gran vuelo que conocen las letras latinoamericanas.
El 25 de mayo de 1838 en Buenos Aires
‘Ya raya la aurora del día de Mayo,
salgamos, salgarnos a esperar el rayo
que lance primero su fúlgido sol.
Mirad: todavía no asoma la frente.
Pero ya le anuncia cercano al Oriente
de púrpura y oro brillante arrebol.
Mirad esas filas: el rayo, el acero.
Los patrios pendones, la voz del guerrero
al salir el astro saludo le harán
…cándida celeste la patria bandera
sobre las almenas será la primera
que el brillo reciba al gran luminar;
No sigo estandartes, inútil ahora;
pero tengo patria… Ya luce la aurora
y seré dichoso si miro este sol.’
¡Ay, sella tus labios, antiguo guerrero,
y no hables ahora si ansioso extranjero
la gloria de Mayo pregunta cuál es!
Sí, sella tus labios, reprime tus iras,
¡ah, no te desprecien los hombres que miras,
espera los días que vendrán después!
¡En vano se abrieron de Oriente las puertas!
¡Cómo en negra noche mudas y desiertas
las calles y plazas discurriendo van.
Sin parte en tu gloria nación Argentina,
tu gloria, tu nombre, tu honor abomina
en su enojo el cielo tal hijo te dio.
