En 1963, el Jefe de Estado de Camboya era el príncipe Norodom Sihanouk. Sihanouk había declarado la neutralidad de Camboya en el conflicto de Vietnam aunque protestó por el intervencionismo de EEUU, lo que generó recelo y desconfianza en los estadounidenses, que estaban convencidos de que la política de neutralidad de Sihanouk era falsa y que permitía el acceso a territorio camboyano al Vietcong para actividades logísticas.
Además, Sihanouk había demostrado simpatía por el régimen de Mao Tsé Tung y había opinado que el comunismo sería inevitable en el sudeste asiático. Sin embargo, era enemigo acérrimo del movimiento de los Khmer Rojos (Jemeres Rojos), a quienes además perseguía, ya que los khmer querían convertir a Camboya en una república, lo que significaría una pérdida de privilegios para la Familia Real camboyana, o sea para él.
A pesar de su declamada posición neutral (que no lo era, en realidad), en 1963 el príncipe Sihanouk decidió permitir que las tropas de Hanoi (Vietnam del Norte) utilizaran territorio del este de Camboya como zona de paso hacia Vietnam del Sur. Aprovechando la puerta que les abrió Sihanouk, los norvietnamitas armaron y aprovisionaron a los khmer rojos durante años; hacia fines de la década del ’60 los khmer y los norvietnamitas controlaban la frontera con Vietnam.
Ante el malestar de la opinión pública, Sihanouk intentó reducir la presencia norvietnamita, pero fracasó rotundamente, ya se le había ido de las manos la situación; su política ambigua lo debilitó políticamente y en marzo de 1967, estando de visita oficial en China, el general Lon Nol dio un golpe de Estado que lo derrocó. Este golpe fue el origen de la guerra civil camboyana.
Lon Nol, que contaba con el apoyo de EEUU, inmediatamente rompió relaciones con Hanoi, impuso un gobierno pro-occidental y comenzó una enérgica campaña contra los khmer rojos. EEUU también necesitaba del territorio camboyano, en este caso para cerrar el paso al avance de las tropas de Ho Chi Minh, así que el 30 de abril, las tropas de EEUU y Vietnam del Sur invadieron Camboya para destruir los reductos norvietnamitas en ese país.
Esta situación derivó en la participación (ahora directa) de Camboya en el conflicto de Vietnam, ya que en su territorio se libraron enfrentamientos entre los mismos enemigos que peleaban en el país vecino. Para Camboya empezaba la época más dolorosa y sangrienta de su historia: una guerra civil que duraría hasta 1975, en medio de una guerra bastante más larga, en la que se vio involucrada por decisiones propias y porque es muy difícil el papel de cordero apetecible en medio de la pelea de dos lobos.
La guerra civil camboyana concluyó con la victoria de los khmer rojos, liderados por Pol Pot, que el 17 de abril de 1975 (dos semanas antes de que se diera por finalizada oficialmente la guerra de Vietnam) tomaron la capital, Phnom Penh, luego de un largo asedio. Al tomar el poder, los khmer rojos aislaron al país del mundo exterior, iniciando una brutal reorganización de sus estructuras sociales.
Casi tres millones de habitantes de Phnom Penh y de otros centros urbanos fueron obligados a trasladarse a zonas rurales, bajo amenaza armada, sin alimentos, agua ni atención médica. Cientos de miles de personas murieron en estas crueles marchas, de las que pocos detalles se saben, de hambre y agotamiento. A fines de 1975, el gobierno de los khmer decretó una segunda deportaciónen masa, y el total de muertos de dichos traslados forzados se estima en seiscientos mil (el 10% de la población de entonces).
Los khmer rojos comunistas mataron combatientes, funcionarios, ciudadanos influyentes y simpatizantes del régimen de Lon Nol y, ya que estaban, también a los afines al gobierno del príncipe Sihanouk, que los había combatido sin cuartel y en su momento había matado a muchos de ellos. El gobierno de Pol Pot se apoderó de la propiedad privada y suprimió los salarios de los trabajadores, quienes comenzaron a recibir como retribución alimentos racionados. En la Navidad de 1978, Vietnam invade Camboya y acaba con el régimen comunista de los khmer. La invasión estaba liderada por muchos camboyanos refugiados; uno de ellos, Hun Sen, que había desertado de los Khmer Rojos, es el actual primer ministro de Camboya.
La guerra camboyano-vietnamita continuaría hasta 1991.
