El proceso conocido cono el “affaire Dreyfus” había comenzado en 1894, cuando una empleada de la embajada alemana en París encontró documentos militares franceses en un cesto de descarte. Los investigadores del ejército concluyeron que estaban ante un caso de espionaje y que el espía debía debía ser un oficial de artillería. El capitán Dreyfus calzaba como el sospechoso perfecto: judío (el antisemitismo estaba diseminado por toda Francia) y alsaciano (Alsacia era una región franco-germana y sus habitantes a menudo eran sospechados de simpatizar con Alemania). Para colmo, la letra de Dreyfus era parecida a la letra de los documentos encontrados.
El caso Dreyfus se hizo público rápidamente. La prensa y el gobierno reclamaban la condena a Dreyfus, y así ocurrió: Dreyfus fue procesado y condenado a cadena perpetua, con pocas pruebas serias en su contra (en realidad solo unos documentos escritos con una letra similar a la suya, otros directamente falsificados y algunos testimonios falsos construidos para condenarlo).
Dreyfus fue degradado y humillado públicamente, se le quitaron sus insignias militares y fue insultado por la gente. El ejército había armado el caso y elegido a su culpable, y Alfred Dreyfus fue enviado a cumplir su condena en el destierro, en la Isla del Diablo, en la zona de la Guayana francesa.
Dos años después, un nuevo jefe del departamento de inteligencia francés, Georges Picquart, descubrió una evidencia que implicaba a otro militar francés, en este caso de infantería, Ferdinand Esterházy. En este caso, el manuscrito era un escrito del embajador alemán en Francia hacia el citado oficial. Picquart pensó primero que se trataba de un segundo caso de espionaje, pero luego cotejó los escritos con los del caso Dreyfus y acumuló pruebas suficientes como para acusar a Esterházy. Incluso el hermano de Dreyfus ayudó en su investigación aportando pruebas que señalaban a Esterházy como el traidor. El ejército intentó impedir que la investigación de Picquart llegara lejos y lo destinó a Túnez, pero antes de irse a su destino africano Picquart hizo su última jugada y le mostró su investigación a un importante miembro del Senado, que se involucró y presionó para llevar a juicio a Esterházy.
Pero el juicio, en un tribunal militar, fue un fiasco y Esterházy fue rápidamente absuelto. Su absolución estaba pactada con anterioridad; de ninguna manera el ejército reconocería el error cometido con Dreyfus. Como refuerzo del resultado del juicio, Picquart fue expulsado del ejército. El ejército francés no se andaba con vueltas: el que molesta, afuera.
Tras el juicio, el escritor Emile Zola, que formaba parte del grupo de personalidades defensoras de la inocencia de Dreyfus, escribió en el diario L’Aurore un extenso artículo, que fue publicado en la portada del diario: “J’Acusse…!” “Lettre au Président de la République” (“Yo acuso…!” “Carta al Presidente de la República”). Este artículo, uno de los más famosos de la historia del periodismo, era una carta al presidente de Francia detallando todas las irregularidades del caso, todo lo que era falso y “armado” en el caso Dreyfus. La carta no tuvo éxito: Zola fue acusado de difamación y condenado a un año de cárcel, que Zola logró evitar escapando a Inglaterra.
Sin embargo, cuando todo parecía destinado a que Dreyfus terminara sus días en el destierro, algo ocurrió. Se descubrió que algunas cartas y documentos acusatorios falsos habían sido confeccionados por un tal Hubert-Joseph Henry, miembro del contraespionaje francés que había sido uno de los más firmes acusadores de Dreyfus. Éste confesó ser el autor de la falsificación de esos documentos incriminatorios, y días después se suicidó.
El gobierno reabrió el caso, pero increíblemente, ante otro tribunal militar, Dreyfus fue hallado nuevamente culpable. Extraño veredicto de culpabilidad, ya que la sentencia fue reducir su pena de cadena perpetua a una condena de diez años (a esta altura Dreyfus ya llevaba cinco años en la Isla del Diablo). El gobierno francés le ofreció a Dreyfus un indulto (¿cómo… no lo habían encontrado culpable?) que Dreyfus aceptó. Aceptar el indulto implicaba reconocerse culpable, pero Dreyfus quería volver a Francia para ser él mismo quien luchara para probar su inocencia.
El caso Dreyfus, que se había transformado ya en una persecución injusta, provocó una conmoción en toda la sociedad francesa. Inicialmente Dreyfus fue mayoritariamente condenado por la sociedad, pero el devenir del caso a lo largo de los años hizo que mucha gente fuera cambiando su perspectiva. Incluso la política francesa se vio involucrada: el socialismo francés interpretaba que estaba en juego no sólo el caso Dreyfus sino también la existencia misma de la República, lo que la llevó a manifestarse francamente a favor de la revisión de la causa, atribuyéndole al gobierno un intento de entregar el país a la política reaccionaria. Ambas posiciones hacían de la vida política francesa un debate permanente sobre el caso.
Siete años después del segundo juicio, en 1906, Dreyfus logró reunir pruebas suficientes que expusieran su inocencia. Exonerado del ejército como estaba, acercó su caso a los tribunales civiles. Así fue como en un nuevo juicio en un tribunal civil obtuvo su absolución definitiva.
El 12 de julio de 1906, el Tribunal Supremo proclamó la inocencia del capitán Alfred Dreyfus, y el 21 del mismo mes fue reincorporado al ejército, concediéndosele la Legión de Honor. Habían transcurrido diez años desde el comienzo del caso.
En 1914, ya teniente coronel, toma el mando de una unidad de reaprovisionamiento en el curso de la Primera Guerra Mundial. Tras la paz, se retiró del ejército con el grado de comandante.
Alfred Dreyfus falleció en 1935, a los 75 años de edad.