Ernst Haeckel creció en Merseburg, donde su padre se desempeñaba como funcionario del gobierno. Estudió en Würzburg y en la Universidad de Berlín, donde su profesor, el fisiólogo y anatomista Johannes Müller, lo llevó en una expedición de verano para observar pequeñas criaturas marinas frente a las costas de Heligoland en el Mar del Norte. Tales experiencias en biología marina atrajeron a Haeckel hacia la zoología, de todas maneras, se graduó como médico en Berlín en 1857. Durante un tiempo practicó la medicina por mandato de su padre. Viajó a Italia, donde pintó e incluso consideró el arte como una carrera. En Messina, estudió el grupo de protozoos (un grupo de organismos microscópicos unicelulares) Radiolaria, cuyos miembros tienen una forma sorprendentemente cristalina, Haeckel sostuvo posteriormente que la vida orgánica más simple se había originado espontáneamente a partir de materia inorgánica por una especie de cristalización. El punto de inflexión en el pensamiento de Haeckel fue su lectura de la obra de Charles Darwin en 1859, Sobre el origen de las especies por medio de la selección natural. Mientras tanto, completó un trabajo en zoología en 1861 en Jena y se desempeñó como docente privado. En 1862 fue nombrado profesor asociado de zoología, y ese año, cuando publicó su monografía sobre Radiolaria, expresó en ella su acuerdo con la teoría de la evolución de Darwin. Desde ese momento fue un ferviente defensor del darwinismo, y sus conferencias sirvieron para difundir la teoría de la evolución. Darwin había descrito la evolución a través de la selección natural de variaciones favorables acumuladas que con el tiempo formaron nuevas especies. Para Haeckel, sin embargo, esto fue solo un comienzo, con consecuencias que debían continuar estudiándose. En 1865 fue nombrado profesor titular y permaneció en Jena hasta su jubilación en 1909.
Haeckel vio la evolución como la base para una explicación unificada de toda la naturaleza y la lógica desde un enfoque filosófico que negaba las causas finales y la teleología de la iglesia. Su Generelle Morphologie der Organismen (1866; Morfología General de Organismos) presentó muchas de sus ideas evolutivas, pero la comunidad científica no se mostró muy interesada.
Tratando de explicar tanto la naturaleza inorgánica como la orgánica bajo las mismas leyes físicas, Haeckel retrató a las criaturas más pequeñas como mero protoplasma sin núcleo; concluyó que éstas surgían espontáneamente a través de combinaciones de carbono, oxígeno, nitrógeno, hidrógeno y azufre. La comunidad científica se interesaba particularmente en el protoplasma por aquellos años, por un tiempo se creyó que ciertos dragados de aguas profundas habían traído a estos organismos sin estructura. Mas tarde descubrieron que esto era un error, pero Haeckel continuó insistiendo, a lo largo de los años, en que existía un reino de organismos microscópicos que habitan todos los ambientes y que están formados por una sola célula sin núcleo definido. De ellos trazó formas unicelulares con núcleos y tres reinos: animal, vegetal y neutral “protista”. Sus inclinaciones artísticas hacia las simetrías ideales lo llevaron a delinear numerosos árboles genealógicos, a veces para suministrar enlaces o ramas faltantes; y reconstruyó el árbol ancestral humano para demostrar el descenso de la humanidad de los animales inferiores.
Kunstformen der Natur.
Aunque sus conceptos de recapitulación estaban equivocados, Haeckel llamó la atención sobre importantes cuestiones biológicas. Su teoría de la gastraea, que realiza un seguimiento de todos los animales multicelulares hasta un hipotético ancestro de dos capas, estimuló tanto la discusión como la investigación. Sus inclinaciones a la sistematización a lo largo de líneas evolutivas condujeron al conocimiento de invertebrados tales como medusas, radiolarios, sifonóforos y esponjas calcáreas. Haeckel fundó tanto el Museo Filético en Jena como la Casa de Ernst Haeckel; este último contiene sus libros y archivos, y conserva muchos otros recuerdos de su vida y obra.
