Se inició en el piano a la edad de 4 años de la mano de su tía y en oposición de su madre que no quería que su hija fuera una niña prodigio, porque creía que eso podía causarle problemas psicológicos en el futuro. La primera obra que tocó fue un vals de Strauss que se había aprendido escuchando y mirando a su madre tocar. Su madre era pianista y cantante y su abuela cantaba en el coro de la iglesia del pueblo del que toda la familia Cheney era oriunda y en el que vivieron hasta 1875 cuando, por un nuevo empleo del padre, se mudaron a Boston donde Amy estudió piano con Ernest Perabo y Carl Baermann, y armonía y contrapunto con Junius W. Hill.
En 1883 hizo su debut en uno de los teatros con más reputación de Boston tocando el “Rondó en Mi bemol mayor” de Chopin y el “Concerto No. 2 en Sol menor” de Ignaz Moscheles. La orquesta la dirigió Adolf Nuendorff y el concierto hizo que Amy ganara reconocimiento y que tuviera futuros conciertos. Poco después apareció como solista con la Orquesta Sinfónica de Boston y entre 1883 y 1885 se convirtió en una artista de prestigio dentro de su país.
El 2 de diciembre de 1885 se casó con un cirujano de Boston, Henry Harris Aubrey Beach, 25 años mayor. Al Dr. Beach no le entusiasmaba la idea de que Amy siguiera dando conciertos públicos, prefería verla como su mujer más que como una artista. Sin embargo, la animó a componer su propia música y, durante esa época, esta compuso música de cámara, música coral, cantatas y música de iglesia.
Su primer gran éxito fue la “Misa en Mi bemol mayor”, que fue interpretada en 1892 por la Handel and Haydn Society. Cuatro años más tarde, terminó de componer “Sinfonía Gaélica“, la primera sinfonía compuesta e interpretada por una mujer norteamericana. Previo a ello, Amy había sido encargada por la comisión organizadora de la Exposición Mundial Colombiana en Chicago para componer una obra coral (“Festival Jubilate op.17“) para la apertura del “Edificio de la Mujer” (en inglés: Woman’s Building, también conocido como “Pabellón de la Mujer”, hoy demolido, un pabellón de exposiciones cuyo objetivo era mostrar el avance de la mujer en la historia).
Amy era una prodigio, tenía oído absoluto, pero tuvieron que morir su marido y su madre para que se permitiera la gloria internacional. Su primera gira europea como compositora e intérprete fue en 1911 ya siendo huérfana y viuda. Adquirió muchísima notoriedad y su “Sinfonía Gaélica” se volvió muy conocida en todo el Viejo Continente. Al estallar la Primera Guerra Mundial regresó a Estados Unidos y se asentó en Nueva York para el resto de su vida. Dedicó sus inviernos a hacer giras y sus veranos a componer. Escribió obras para la Chamber Music Society de San Francisco, de las cuales “Theme and variations for flute and string quartets” fue la más celebrada y recordada posteriormente junto a su ópera “Cabildo” de 1932.
En 1940, una enfermedad cardíaca provocó el retiro de Amy de los escenarios y su muerte cuatro años después. Fue enterrada junto a su marido en el cementerio de Forest Hills de Boston. Dejó una numerosa cantidad de piezas musicales, ensayos, artículos periodísticos y un libro (“Diez Mandamientos para Jóvenes Compositores”) en el que narró sus vivencias y expresó sus principios de autoaprendizaje. A pesar de su fama y reconocimiento en vida, el legado de Amy fue dejado de lado durante décadas, hasta que en 1990 algunas compositoras e intérpretes revisionistas sacaron su obra nuevamente a la luz y su nombre fuera agregado como la primera mujer en unirse a los otros 87 compositores en la pared de granito de Hatch Shell de Boston.