En varias ocasiones, durante el tiempo que vivió en Nauvoo, José Smith le dijo a los Santos que temía por su vida y trabajó para preparar a la Iglesia para que continuase en su ausencia. En la primavera de 1844 encaró una oposición creciente tanto entre Santos de los Últimos Días disidentes como entre opositores a la Iglesia en la región. A principios de junio de 1844 unos disidentes publicaron un periódico llamado Nauvoo Expositor que atacó la reputación de José Smith y criticó ciertas doctrinas y prácticas de la Iglesia. Actuando según su entendimiento de la ley y temiendo que el periódico pudiera hacer aumentar la persecución que padecía la Iglesia, José Smith, en calidad de alcalde de Nauvoo, y los concejales del ayuntamiento consideraron que el diario era una amenaza pública y ordenaron la destrucción de la imprenta. Casi de inmediato, los opositores a la Iglesia hicieron llamamientos públicos solicitando el arresto de José y pidiendo más actos violentos contra los Santos. José y su hermano, Hyrum, consideraron escapar y hasta cruzaron el río Misisipi, pero decidieron dejarse arrestar por los cargos relacionados con la destrucción de la imprenta.
José y Hyrum se presentaron en Carthage, Illinois, donde se les acusó de traición y quedaron en custodia a la espera de ser juzgados. El gobernador Thomas Ford les había prometido protección, pero ellos se sentían incómodos por estar encerrados en una ciudad hostil. Mientras aguardaban en el cuarto superior de la cárcel, José, Hyrum, Willard Richards y John Taylor estudiaron el Libro de Mormón, cantaron himnos y pronunciaron bendiciones sobre las personas que los fueron a visitar. El 27 de junio, José dictó una carta a su esposa, Emma, en la que le expresaba el amor que sentía por su familia y sus pensamientos sobre el inminente juicio. “Me hallo completamente resignado a mi suerte, sabiendo que estoy justificado y que he hecho lo mejor que podía hacerse”, escribió. “Expresa mi amor a los niños y a todos mis amigos”.
Adentrada la tarde, un populacho armado irrumpió en la prisión, subió con celeridad las escaleras y disparó al interior del cuarto donde estaban retenidos José y sus amigos. Hyrum recibió un disparo y murió casi al instante. José corrió hacia la ventana, recibió un disparo en el pecho y otro en la espalda y calló al exterior, donde probablemente recibió algún disparo más. John Taylor recibió cuatro disparos pero sobrevivió. Solo Willard Richards resultó ileso.
Después de los asesinatos, los cuerpos de José y Hyrum Smith fueron llevados a Nauvoo en dos carromatos descubiertos. Ambos fueron lavados y examinados, y se realizaron dos máscaras para preservar los rasgos faciales de ambos. Se llevó a cabo un funeral público en la Mansión de Nauvoo al que asistieron unas 10 000 personas. Temiendo que los enemigos pudieran profanar los cuerpos, los ataúdes se llenaron con sacos de tierra, que fueron enterrados públicamente. En un principio, los cuerpos quedaron enterrados bajo el Mesón de Nauvoo, que estaba sin terminar, y meses más tarde fueron desenterrados y vueltos a enterrar bajo una construcción que había en la propiedad de la familia Smith6.
John Taylor y Willard Richards aportaron testimonios personales de los asesinatos, incluso entradas del diario de Richards que escribió estando en la cárcel de Carthage. Los periódicos Nauvoo Neighbor y Times and Seasons publicaron el anuncio de las muertes y sendas loas a José y Hyrum que luego quedaron canonizadas en Doctrina y Convenios8. William Daniels, un integrante del populacho que presenció los hechos desde el exterior de la cárcel y que posteriormente se unió a la Iglesia, también dejó un registro de su perspectiva. John Taylor escribió un registro en 1856 que los historiadores de la Iglesia emplearon para recopilar la historia oficial de José Smith. En esos relatos se ensalzó a José y Hyrum como mártires de la causa de la Iglesia restaurada.
Muchas personas dejaron relatos de haber oído las noticias de los fallecimientos, de haber presenciado el dolor de las viudas, Emma Smith y Mary Fielding Smith, y del duelo por la pérdida del Profeta y el patriarca. “Vi los cuerpos sin vida de nuestros amados hermanos mientras eran conducidos a sus familias casi enloquecidas”, escribió Vilate Kimball en una carta a su esposo, Heber. “Presencié sus lágrimas y llantos, capaces de traspasar un corazón obstinado. Cada hermano y hermana que presenció la escena sintió una enorme solidaridad con ellos. Sí, cada corazón rebosaba de pesar y hasta las mismas calles de Nauvoo parecían estar de luto”.
Se acusó a cinco hombres de los asesinatos y fueron juzgados en Carthage en mayo de 1845. Se instó a los miembros de la Iglesia a que no testificaran en el juicio ni asistieran a él, preocupados porque el sistema judicial estuviera predispuesto en su contra y por temor a provocar más violencia. Sin testigos mormones, el abogado de la acusación apenas pudo presentar testimonios creíbles y descartó toda la evidencia clave, lo cual provocó que el jurado absolviera a los cinco hombres. Esto hizo que algunos eruditos consideraran que el juicio estaba amañado. Circularon historias entre los Santos de los Últimos Días en cuanto al supuesto destino de quienes participaron en los asesinatos. Algunos eruditos han estudiado sus vidas y determinaron que aquellos relatos de venganza divina eran habladurías y no hechos reales.
La muerte de José Smith dejó a la Iglesia sin líder por primera vez desde su fundación en 1830, y la muerte de Hyrum descartó una posible vía sucesoria. En los meses siguientes al martirio del Profeta y del patriarca, la inmensa mayoría de los miembros de la Iglesia sostuvo el liderazgo del Cuórum de los Doce.
