Nadie está seguro sobre cuál fue la causa de la muerte de Gengis Kan. La versión más difundida dice que murió al caer de su caballo, cosa muy poco probable en un hombre que pasó su vida cabalgando. Otros dicen que fue una herida de guerra que lo llevó al más allá. Hay quienes hablan de tifus, entonces una afección muy difundida. Por último, no falta quién afirma que fue apuñalado por una de sus 36 concubinas.
La leyenda dice que para mantener el secreto sobre la necrópolis que lo habría de albergar por la eternidad fueron asesinados sus constructores primero y todos aquellos que asistieron al entierro. El secreto fue muy bien cuidado, porque a la fecha se desconoce su ubicación. Albert Yu Min Lin, científico de la Universidad de San Diego está abocado a la búsqueda satelital del enterratorio en algún lugar de Mongolia.
Probablemente, la tumba del gran Kan se encuentra en un sitio llamado Batshireet a 300 kilómetros de Ulan Bator. Allí espera que nadie perturbe su sueño, junto a 40 doncellas y 40 caballos. Para asegurarse que así sea, su enterratorio está custodiado por miles de víboras que han dificultado hasta ahora el trabajo de los investigadores.
Según estudios de la Universidad de Oxford del año 2003, casi 16 millones de personas comparten el mismo cromosoma Y de este líder, al que bien podemos considerar el macho alfa de la familia.