Urquiza necesitaba naves para cruzar su ejército para doblegar a “la hermana rica”. Las tentativas para conseguir apoyo naval del Paraguay o del Brasil habían fracasado, pero estando frente a Paraná el vapor de guerra porteño “General Pinto”, su tripulación se sublevó y se apoderó del barco pasándose al bando de la Confederación. En la acción fue herido el capitán de la nave y almirante de la flota porteña, José Murature. Su hijo Alejandro, murió en combate. Otro vapor de la escuadra de Buenos Aires también cambió de bando, y gracias a ello, Urquiza pudo trasladar sus tropas a Santa Fe. Luego de este episodio, a pesar del cañoneo desde Martín García y desde las naves porteñas, el almirante Cordero, de la Confederación, consiguió pasar río arriba con algunos barcos adquiridos en Montevideo.
El gobierno porteño intentó nuevamente comprar a la flota enemiga, como lo había hecho durante el sitio de Buenos Aires. A tal fin ofrecieron 5.000 onzas de oro a quien entregase el vapor “Salto” y 3.000 por el “Menay”. Esta vez no encontraron un Coe que aceptara el soborno.
Batalla de Cepeda
Francisco Solano López, hijo del presidente del Paraguay, intento mediar entre la Confederación y Buenos Aires, pero fracasó porque Alsina, seguro de su triunfo, puso condiciones inaceptables. La Confederación contaba con 15.000 hombres, entre ellos los ranqueles de Coliqueo. Los porteños solo 9.000, porque muchas de sus tropas debían cuidar la frontera.
La caballería entrerriana fue determinante para la victoria, como lo había sido en Caseros. Hacia la noche del 23 de octubre, los porteños habían sido derrotados. Los generales Conesa y Mitre pudieron escapar con sus tropas, embarcándose en San Nicolás, mientras el resto del ejército de Buenos Aires caía prisionero. Parecería que Urquiza permitió la retirada a Conesa y Mitre para no enconar más los ánimos (o quizás porque los tres generales eran masones). Mitre volvió a Buenos Aires y proclamó que sus legiones “estaban intactas”, cosa que no era cierto.
Luego de la batalla Urquiza dirigió una proclama a Buenos Aires: “He ofrecido a aquel gobierno la paz antes de que se vertiese una sola gota de sangre para resolver una cuestión de fraternidad, que un poco de cordura y patriotismo debía zanjar fácilmente para felicidad común y para afianzar la suerte de la patria sobre la sólida base de su integridad…”. “Ofrecí la paz antes de combatir y de triunfar. La victoria y dos mil prisioneros tratados como hermanos es la prueba que os ofrezco con sinceridad mis buenos sentimientos y mis leales promesas. Continúo hasta derrocar ese bando opresor, que, oponiéndose a la unión nacional, ha resistido con grosera arrogancia toda transacción”.
Urquiza avanzó hacia Buenos Aires mientras el gobierno de Alsina procuraba organizar la resistencia. La Legislatura porteña consideró peligroso no aceptar la paz ofrecida por el entrerriano. Buenos Aires no estaba para tolerar un nuevo Caseros y menos aún, otro sitio. Alsina renunció el 8 de noviembre, y se encargó provisionalmente del gobierno Felipe Lavallol, que eligió como ministros a Carlos Tejedor, Juan Bautista Peña y al general Gelly y Obes.
Recién entonces, el general Francisco Solano López, del Paraguay, pudo actuar exitosamente como mediador reuniéndose con los representantes de ambas partes en San José de Flores.
El 11 de noviembre de 1859 se firmó el histórico pacto que debía establecer la unión de Buenos Aires con el resto del país. El artículo 1 decía: “Buenos Aires se declara parte integrante de la Confederación Argentina y verificará su incorporación por la aceptación y jura de la Constitución Nacional” pero se la autorizaba a decidir, por medio de una convención provincial “ad hoc”, proponer modificaciones a la misma, en cuyo caso el gobierno nacional de Paraná convocaría una nueva convención nacional para tratar dichas propuestas.
El puerto y la Aduana de Buenos Aires pertenecería a la Confederación y así podrían pagarse los préstamos al Brasil que Urquiza había contraído para su campaña contra Rosas. De acuerdo a lo convenido en el pacto de San José de Flores, Urquiza inició la retirada de sus tropas dos días después de la firma.
Esta reunificación resultó ser efímera. Sería necesario derramar más sangre entre hermanos para llegar a una frágil convivencia.
