Günther era hijo del almirante Friedrich Lützow, uno de los marinos más respetados durante la Primera Guerra Mundial y notable submarinista. Günther, el tercero de sus cinco hijos, prefirió la aeronáutica, mientras sus hermanos siguieron la carrera de su padre. Werner murió en 1943, pero su hermano Joachim fue el único que sobrevivió a la contienda.
En 1930 Alemania tenía prohibido por el tratado de Versailles, tener un ejército más allá de las restricciones impuestas y menos aún, tener una aeronáutica militar, razón por la cual muchos pilotos se entrenaban en el exterior. Günther lo hizo en Lípetsk, Rusia.
Tres años más tarde era instructor de vuelo. Para ganar experiencia, un grupo de pilotos alemanes se ofrecieron como voluntarios del ejército nacional en España. Este grupo fue la base de la Luftwaffe en la Segunda Guerra, el grupo de élite que puso en práctica nuevas estrategias, como las caídas en picada de los Stuka. Vale decir que tanto esta táctica como la guerra relámpago tenían una finalidad: ahorrar combustible. La falta de petróleo era el punto débil de Alemania. Parte de la estrategia alemana debe estudiarse bajo esta perspectiva. La guerra en el África, el avance sobre Rumania y la campaña al sur de Rusia, tenían como finalidad adquirir petróleo para abastecer la maquinaria nazi (que usaba un biocombustible proveniente de la madera).
El grupo de Günther Lützow fue uno de los primeros en entrar en combate en Francia. Para entonces acumulaba 5 aviones derribados en España y 4 en Francia. Para finales de 1940 Günther sumaba 18 victorias y la Ritterkreuz. Hacia julio de 1941 durante la invasión a la Unión Soviética, ya había bajado 40 aviones enemigos y concedido la Eichenlau. Para octubre de 1941 llevaba cien victorias. Fue el segundo piloto de la Luftwaffe en acreditar ese record. Cuando se llegaba a ese nivel, se trataba de preservar al piloto, porque para entonces eran héroes populares y era mejor evitar que muriesen en combate. A ese nivel se le restringía la cantidad de vuelos.
El 17 de noviembre de 1941, Ernst Udet, As del aire durante la primera guerra y jefe de la aviación nazi, se suicidó. Algunos sostienen que Hitler lo acusaba del fracaso de la Batalla de Inglaterra. Lützow fue la guardia de honor en el entierro.
A lo largo de 1942, por las restricciones a volar, solo tuvo 3 victorias. En ese tiempo volvió a trabajar con Adolf Galland, el As del aire más famoso de la Segunda Guerra, compañero durante la guerra civil española y que pasaría algunos años como instructor de la aviación argentina en la década del 50. En 1945 participó del llamado Motín de los Pilotos junto a Galland, hombres que querían volver a volar, y lo hicieron en los primeros aviones a reacción, los Messerschmitt Me 262. Creían que con este adelanto tecnológico, podrían contener la invasión a Alemania y al menos lograr una paz honrosa. Sin embargo, no llegaría a ver el fin de la guerra.
El 24 de abril de 1945, después de derribar dos bombarderos norteamericanos cerca de Munich con su Me 262, fue perseguido por el teniente William Myers. Para escapar, el avión de Lützow intentó una caída en picada, pero no pudo dominar el avión y se estrelló… o al menos eso es lo que reportó Myers. Sin embargo, el avión de Lützow nunca fue hallado. Desde entonces, Günther Lützow permanece como desaparecido en acción.
