Cuando era un joven estudiante en Nápoles, adhirió al republicanismo, al partido de la revolución en el Risorgimento italiano. Sin embargo, bajo la impresión de la Comuna de París en 1871 se volcó al socialismo, el naciente evangelio de la redención social, que, en Italia, nació anarquista. Al año siguiente Malatesta tuvo su primer encuentro con Bakunin en el congreso de St. Imier, donde la fundación de la Internacional federalista marcó el nacimiento del movimiento anarquista. En las siguientes seis décadas el nombre de Malatesta estaría ligado a la historia de ese movimiento.
Vivió la mayor parte de su vida adulta en el extranjero como exiliado y como obrero, en países de fuerte migración italiana y presencia anarquista: Francia, Bélgica, Suiza, y Egipto en 1878—1882; Argentina en 1885—1889; los Estados Unidos en 1899—1900; e Inglaterra, más específicamente en Londres, en 1889—1897, 1900—1913, y 1914—1919. Pero por medio siglo fue protagonista de todos los inicios de lucha social en Italia: el alzamiento de Benevento de 1877, una de las primeras instancias de propaganda por el hecho y uno de los eventos más famosos y simbólicos en la historia del movimiento anarquista; las revueltas del pan de 1898, que le llevaron a la cárcel y luego a residencia forzada, de la que escapó en 1899; la Semana Roja insurreccional en 1914, cuando las regiones Romaña y Marcas permanecieron por días en manos de anarquistas, republicanos, y socialistas; y el bienio rojo de 1919—1920, cuando la ocupación de fábricas pareció llevar a Italia al borde de la revolución.
Malatesta murió en Roma el 22 de Julio de 1932, bajo el talón del régimen fascista, en un estado de arresto domiciliario no declarado.
Así fue Malatesta retratado por su compañero de exilio en Londres Pedro Kropotkin a comienzos del siglo veinte: «Malatesta era un estudiante de medicina, que hubo abandonado la profesión médica y también su fortuna por el bien de la revolución; lleno de fuego e inteligencia, un idealista puro, que en toda su vida — y ahora se está acercando a la edad de cincuenta— nunca ha pensado si tendrá un pedazo de pan para su cena y una cama por la noche. Sin siquiera más que un cuarto que él denominaría suyo, vendía sorbete en las calles de Londres para tener para vivir, y por la tarde escribía brillantes artículos para los diarios italianos. Preso en Francia, liberado, expulsado, vuelto a ser condenado en Italia, confinado a una isla, escapa, y de nuevo en Italia disfrazado; siempre en el candor de la lucha, ya sea en Italia o donde sea, — ha perseverado en esta vida por treinta años sucesivos. Y cuando lo encontramos nuevamente, liberado de una prisión o escapado de una isla, le hallamos tal como lo vimos la última vez; siempre renovando la lucha, con el mismo amor por la humanidad, la misma ausencia de odio hacia sus adversarios y carceleros, la misma sonrisa de corazón para un amigo, la misma caricia para un niño.»
Malatesta contribuyó por igual al movimiento anarquista con su acción y con su pensamiento, que no concebía separados. Sus panfletos Fra Contadini (Entre Campesinos), L’Anarchia (La Anarquía), y Al Caffè (En el Café) están entre los más grandes «best-sellers» anarquistas de todos los tiempos, con incontables reimpresiones y traducciones. Sin embargo, su pensamiento halló expresión sobre todo en la miríada de artículos repartidos en la prensa anarquista alrededor del mundo y en los numerosos periódicos que editó: las dos corridas de La Questione Sociale, publicada en Florencia en 1883—1884 y en Buenos Aires en 1885; L’Associazione, que marcó el comienzo de su primer exilio en Londres, en 1889—1890; L’Agitazione, publicada en Ancona en 1897—1898, hasta que las revueltas del pan comenzaron; La Questione Sociale de Paterson, editada en 1899—1900 mientras estuvo en Estados Unidos; La Rivoluzione Sociale, apareció en Londres en 1902—1903, durante el segundo exilio de Malatesta en Londres;Volontà, también publicado en Ancona, en 1913—1914, hasta la Semana Roja; el diario anarquista Umanità Nova, en 1920—1922; y Pensiero e Volontà, editado en Roma en 1924—1926, ya en pleno advenimiento del fascismo. Algunos de estos están entre los periódicos más significativos en la historia del pensamiento anarquista.
En su escritura, Malatesta posee la singular habilidad de ser tanto profundo como claro. Esto se ilustra mejor en un ejemplo. En el panfleto Anarquía, que reimprimimos en este volumen, Malatesta define la anarquía en una sola frase: «La anarquía, en común con el socialismo, tiene como base, como punto de partida, como ambiente esencial, la igualdad de condiciones; tiene como faro la solidaridad y la libertad es su método.» En su referencia a los valores estándar de la Revolución Francesa, égalité, fraternité, y liberté, la definición podría parecer un cliché. Pero, tras su engañosa simplicidad, expresa una concepción cabal y original del anarquismo, que descansa sobre el rol asignado a cada uno de esos valores estándar. La igualdad de condiciones significa la propiedad común de los medios de producción, pues no puede haber igualdad de condiciones cuando una clase monopoliza los medios de producción. Por ende, se está describiendo aquí a una sociedad socialista. Pero el socialismo no es un punto final; es solo un punto de partida para un proceso cuyo final está abierto. El faro de ese proceso es la solidaridad. Al asignarle el asiento del chofer de la evolución social a un valor intencionalmente perseguido, Malatesta está expresando una visión voluntarista, en contraste con el énfasis marxista en el desarrollo de las fuerzas productivas. Y al asignarle ese asiento a la solidaridad está rechazando el individualismo. Finalmente, al abogar por la libertad como método, Malatesta está reafirmando la iniciativa libre en contraste con el socialismo autoritario. Malatesta está ofreciendo un plan para la sociedad futura, mas su definición está fuertemente caracterizada en términos de ese proceso: está describiendo una sociedad socialista abierta experimentalista, pluralista.
Más aún, al definir la anarquía en términos de un sentimiento y un método — la solidaridad y la libertad — que los anarquistas ya practican aquí y ahora, Malatesta está proponiendo la continuidad entre la sociedad presente y la futura. Y ya que ese sentimiento y ese método son elecciones conscientes de cada individuo, la de Malatesta es una visión gradualista de la anarquía: mientras más personas abracen ese sentimiento y ese valor, más ampliamente será realizada la anarquía. De hecho, inmediatamente después de la definición anterior, Malatesta explica que la anarquía «no es la perfección, no es el ideal absoluto que como el horizonte retrocede tan rápido como nos acercamos a él; sino que es la vía abierta a todo progreso y a toda mejoría para el beneficio de todos.»
Vemos aquí cómo la coherencia entre fines y medios funciona en ambos sentidos para Malatesta. Cuando los fines son tan abstractos como para no tener lazo alguno con nuestros actos presentes, todos pueden concordar con seguridad respecto a esos fines. En vez, Malatesta escribe, «es el método el que por sobre todo distingue entre las partes y determina su importancia histórica.» Aparte del método, añade, «todos hablan de querer el bienestar de la humanidad.» Por lo tanto, «uno debe considerar la anarquía por sobre todo como un método.» El método distintivo que los anarquistas tienen para ofrecer es el método de la libertad.
Malatesta introdujo explícitamente conceptos como el gradualismo anarquista solo en sus últimos escritos. Sin embargo, sus semillas pueden ser detectadas mucho antes. Una coherencia profunda impregna toda la acción y pensamiento de Malatesta, a la vez que tanto acción como pensamiento evolucionan bajo el impulso de la experiencia.