Hija de Asunción Inda y León Antonio Zubeldía, Emiliana fue introducidos en la música desde muy temprana edad. A sus 5 años dio su primer recital interpretando una pieza compuesta por su hermano Martin, 3 años mayor que ella (quien luego será conocido como Gumersindo de Estella, el fraile capuchino que denunció la crueldad con la que se ejecutaba a los presos en la cárcel de Torrero). En 1896 fue enviada a estudiar a Pamplona y luego, en 1904, al conservatorio de Madrid de donde se graduó, en 1906, como estudiante sobresaliente. Al siguiente año viajó a París para estudiar composición con Vincent d´Indy y piano con Blanche Selva en la Schola Crantoum sin necesidad de hacer examen de admisión.
En 1909, debido a la muerte de su padre, regresó a Pamplona y se quedó en España y comenzó a dar clases de piano y conciertos. Una década más tarde, ya siendo una afamada concertista, se casó con Joaquín Fuentes Pacual, un químico tudelano de quien se separó tres años después, regresando a París para continuar con sus estudios de composición y piano y trabajar como pianista de ensayos en importantes óperas de Maurice Ravel e Igor Stravinski.
En 1927, muere su madre de meningitis, pero esa vez no regresó a Pamplona, sino que emprendió una gira por distintos lugares de América del Sur donde fue muy bien recibida. En 1930 se mudó a Nueva York y conoció a Andrés Segovia y Nicanor Zabaleta con quienes compartió su emisión del Radio City Music Hall y dió charlas acerca de la música española hasta el verano de 1934 cuando conoció al científico y músico mexicano Augusto Novaro y se maravilló por completo con sus experimentos relacionados con el Sistema Natural de Música y su búsqueda de la sonoridad cósmica.
Durante sus siguientes años en Nueva York, Emiliana se presentó en varios auditorios y salas de música interpretando canciones vascas y composiciones adecuadas a los nuevos instrumentos creados por Novaro. También, conoció a la pianista Esperanza Pulido, quien era alumna y colaboradora de Novaro y devendría su mejor amiga por el resto de sus días por venir. En 1933, visitó México por primera vez acompañando a Novaro durante la presentación de sus avances científicos. La ciudad Azteca la movilizó tanto que, cuatro años más tarde, decidió radicarse en ella.
Vivió en Ciudad de México por una década componiendo e interpretando canciones en los instrumentos de Novaro. En 1939 sufrió un accidente automovilístico y se lesionó los nervios de su brazo derecho, lo cual afectó su carrera de manera definitiva: su interpretación como pianista se limitó, por lo que su actividad como compositora y maestra aumentó. Así pasó varios años, entre clases y recitales que Augusto Novaro organizaba en su casa para presentar sus avances y las composiciones de Emiliana. En 1942 adoptó la ciudadanía mexicana y en 1947 la invitaron de la Universidad de la Sonora para que se hiciera cargo de la escuela de música.
Lo primero que hizo ni bien tomó su cargo fue empezar a trabajar con el coro universitario. También trabajó como maestra de solfeo, historia de la música y piano. Sus alumnas más destacadas fueron Consuelo Soria Larrea, Chepina Soria Larrea, Aurora Espinoza y la niña prodigio Angélica Méndez Ramos (la cual recibió una beca de la Sala Chopin del Conservatorio Nacional de México para estudiar piano en la ciudad de Viena).
El 11 de septiembre de 1960 muere su maestro Augusto Novaro dejando a Emiliana desconsolada y sin norte por varios meses hasta que reorganizó su existencia formando el Coro de la Universidad de Sonora, el cual capitalizó grandes logros como su presentación durante las Olimpíadas de México 1968 en el Palacio de Bellas Artes en donde interpretaron la “Misa de Asunción” y “Canción Seri” de Emiliana de Zubeldía, entre otras obras.
Después de varias complicaciones de salud, Emiliana decidió dejar el Hotel San Alberto, su hogar por más de treinta años, e internarse en el Hospital General del Estado de Sonora donde murió el 26 de mayo de 1987.
