Un joven Kierkegaard asistió a las conferencias de Schelling durante la década de 1830, pero pronto se sintió decepcionado por lo que consideraba el hegelianismo residual del idealismo absoluto de Schelling. Para Kierkegaard, la filosofía especulativa se mantuvo al margen de las exigencias de la “existencia”.
Kierkegaard se matriculó en la Universidad de Copenhague en 1830, pero no completó sus estudios hasta 1841. Al igual que el filósofo alemán Georg Wilhelm Friedrich Hegel, cuyo sistema criticaría severamente, Kierkegaard ingresó en la universidad para estudiar teología, pero se dedicó, en cambio, a la literatura y la filosofía. Su pensamiento durante este período se revela en una entrada de diario de 1835, que a menudo se cita como el germen de su trabajo posterior:
La cuestión es encontrar una verdad que sea cierta para mí, para encontrar la idea por la cual puedo vivir y morir … ¿Qué es la verdad, sino vivir para una idea?
La relación con su padre fue de fundamental importancia en la vida espiritual de Søren. Fue él quien le educó en la severidad del pietismo luterano, y le inició en la dialéctica. Gran parte de la melancolía y del sentimiento de culpabilidad kierkegaardianos son herencia del temperamento paterno. Sin embargo, más decisiva que la relación con su padre fue el compromiso y la posterior ruptura con Regina Olsen. Todo parecía andar bien, pero justo después de haberse comprometido, Søren se arrepiente del paso que ha dado: la heterogeneidad de la que es consciente irrumpe en su compromiso desde el comienzo. La relación amorosa con Regina Olsen marcará la vida del filósofo. Hasta el momento de su muerte conservará su recuerdo, reflexionará sobre la rectitud de su conducta, tanto del inicio de su compromiso como de la separación. Pero la decisión había sido tomada: Søren no podía casarse con Regina. Su melancolía habría hecho de ella una persona infeliz, y Kierkegaard no tenía el derecho de hacerlo. Søren siempre interpretó la rotura de la promesa de matrimonio con esa joven como una manifestación de la voluntad divina: ¨mi compromiso con “ella” y la posterior ruptura dependen en el fondo de mi relación con Dios; forman parte, si se puede hablar así, de mi compromiso con Dios¨.
El carácter polémico de la personalidad y de los escritos de Kierkegaard hicieron que entrara en colisión con muchos de sus contemporáneos, y que causara polémicas frecuentes en la prensa de Copenhague, en parte alentadas por el periódico satírico El Corsario. Si el choque con la prensa fue muy áspero y doloroso, el enfrentamiento con la Iglesia Luterana de Dinamarca —la Iglesia del Estado, “el orden establecido”— fue tan violento que llevó a Kierkegaard a la tumba. Los diversos sufrimientos que padeció, la educación paterna, el convencimiento de su propia heterogeneidad son elementos fundantes de su concepción del cristianismo: para él, el cristiano es un contemporáneo de Cristo, que sufre con Él, que se odia a sí mismo para amar a Dios, que es capaz de vivir “en alta mar, allí donde el agua tiene 70.000 pies de profundidad”, es decir, en la inseguridad de este mundo pero con la seguridad de la fe. Esta visión se opone a lo que llama “Cristiandad”, esto es, el cristianismo acomodaticio de la Iglesia luterana danesa, donde todos son cristianos, pero se comportan como paganos. Es un cristianismo mundanizado, hecho de cultura y de complicidad con las pasiones de los hombres. Esta Cristiandad está personificada en los pastores, funcionarios oficiales de la Iglesia de Estado, pagados por la casa real, y en particular en la figura del obispo luterano de Copenhaguen, Mynster.
La dureza de la polémica con la Iglesia de Estado terminó por arruinar el débil sistema nervioso de Kierkegaard. El 2 de octubre de 1855 Kierkegaard cayó, sin fuerzas, sobre el pavimento de una calle de Copenhaguen. Un transeúnte lo llevó al Hospital Frederik. Entra en una lenta agonía, que dura hasta el 11 de noviembre de 1855, día en el que el Juez Divino lo llamó a su presencia.