Guillermo, en recompensa, le hizo conde de Marlborough y miembro de su Consejo, aunque más tarde le hizo encarcelar al descubrir que mantenía contactos con el monarca católico destronado. Volvió a la corte bajo la protección de Ana I (hija de Jacobo), que se convirtió en reina en 1702; la amistad entre la reina Ana I de Inglaterra y la esposa de Marlborough (Sarah Jennings) hizo de John Churchill de Marlborough uno de los hombres más poderosos de aquel reinado.
John Churchill fue nombrado comandante en jefe del ejército inglés durante la Guerra de Sucesión española (1701-14), en la que Inglaterra intervino para contener las ambiciones hegemónicas de la Francia de Luis XIV y lograr un equilibrio continental. Sus primeras victorias le valieron el título de duque (1702); posteriormente consiguió expulsar a los franceses de Alemania (1704) y de los Países Bajos (1709).
Sin embargo, cuando estaba en su momento de mayor gloria militar, cayó en desgracia en la corte de Londres por el enfrentamiento entre la reina y su mujer, al tiempo que los tories obtenían el poder político en detrimento de los whigs, que apoyaban a Marlborough (1711). El duque de Marlborough fue acusado de malversación, perdió todos su cargos y abandonó Inglaterra, mientras un gobierno tory recogía los frutos de sus victorias militares con la firma del Tratado de Utrecht (1713). Tras morir la reina Ana, fue rehabilitado por Jorge I y regresó al país (1714). El duque de Marlborough es el protagonista de la canción popular Mambrú se fue a la guerra, compuesta al parecer tras la batalla de Malplaquet (1709), en la que erróneamente se le dio por muerto.
