En junio de 1813 el grueso de las tropas también entró en Potosí, pero no contaban con la simpatía general, porque las personas más destacadas, acostumbradas al régimen antiguo, no aceptaban de buen grado perder tributos, esclavos, etc. En cambio apoyaban a Belgrano los indígenas de toda la región, que interceptaban las comunicaciones de los realistas, a quienes hostigaban constantemente y procuraban víveres a los patriotas.
Entre tanto Goyeneche, que estaba en Oruro, renunciaba a su cargo, y era reemplazado por el brigadier Joaquín de la Pezuela, militar muy hábil y experimentado. Reorganizó el ejército y situó su campamento en Condo Condo.
Belgrano por su parte, durante su estadía en Potosí, reorganizó la administración y la hacienda del Alto Perú, nombró gobernadores adictos, como Francisco Ortiz de Ocampo (presidente de Charcas), Arenales (en Cochabamba), Ignacio Warnes (en Santa Cruz de la Sierra).
Luego situó su campamento en las llanuras de Vilcapugio y despachó emisarios secretos para enterarse de lo que ocurría en las líneas enemigas; pero su correspondencia fue interceptada Por Pezuela, que se enteró de que los patriotas esperaban refuerzos de Cochabamba y de Santa Cruz de la Sierra.
Antes de que esto se concretara, el jefe realista atacó por sorpresa a las fuerzas que estaban en Vilcapugio, el 19 de octubre de 1813. Los patriotas sufrieron una seria derrota, sobre todo por el material bélico que perdieron. Durante la batalla se notó mucho la ausencia de Manuel Dorrego, que hacía poco tiempo había sido separado del ejército por su indisciplina.
Belgrano se retiró a Macha y Díaz Vélez llegó hasta Potosí en busca de dispersos, uniéndose luego al grueso de las fuerzas. Los soldados cochabambinos, que se habían unido poco antes, desertaron, asustados y desmoralizados.
Pezuela regresó a Condo-Condo.
Si Belgrano se hubiera retirado hasta Jujuy, habría podido evitar un nuevo encuentro, hasta reponer los hombres y armas que había perdido, pero prefirió rehacerse allí mismo para atacar enseguida. Contó para ello con la ayuda del territorio altiperuano que se conservaba adicto, luego se situó en Ayohúma.
Pezuela, pese a la hostilidad indígena, logró atacar a los patriotas el 14 de noviembre de 1813. Fue una derrota peor aún que la de Vilcapugio. Hay que hacer notar, en descargo de Belgrano, que fue atacado por el flanco derecho y él esperaba el ataque por el frente, que no contaba con fuerzas suficientes y que ya no estaban en su ejército los oficiales que tanto habían contribuido a sus triunfos de Salta y Tucumán.
Como consecuencia de estas derrotas, los patriotas se retiraron hasta Jujuy, dejando las provincias del Alto Perú en manos de los realistas, aunque quedaron Arenales y Warnes defendiendo Cochabamba y Santa Cruz de la Sierra.
En adelante las fronteras serán defendidas por los gauchos de Martín Güemes y se buscará el triunfo directamente sobre Lima.
SOBRE LAS BATALLAS DE VILCAPUGIO Y AYOHÚMA: Después de los grandes triunfos de Tucumán y Salta, Belgrano alcanzó gran ascendiente entre los indígenas de la región y varios caciques de prestigio se le presentaron para ponerse a sus órdenes. Entre tanto el ejército real había cambiado de comando y recibido refuerzos: un general hábil se hallaba a su frente, Pezuela, el cual prontamente reanudó las actividades contra el vencedor de Salta.
Belgrano le salió al encuentro en la pampa de Vilcapugio, y el 19 de octubre de 1813 estaban frente a frente ambos ejércitos. El patriota estaba en gran parte compuesto de reclutas, recientemente incorporados a las filas, falto de caballada y sin elementos de transporte. La jornada estaba indecisa y más bien podía considerarse ventajosa para los independientes, cuando la llegada del coronel Saturnino Castro con nuevas tropas hizo inclinar el fiel de la balanza del lazo de Pezuela.
Aquel había concuriido a la acción, en momentos en que los soldados de Belgrano iniciaban la persecución de los realistas, movimiento que paralizó un misterioso toque de «alto» . El general patriota, con serenidad y entereza admirables, ordenó la retirada, diciendo a sus soldados: «Soldados: heme «perdido la batalla después de tanto pelear: la victoria nos ha traicionado «pasándose a las filas enemigas en medio de nuestro triunfo, ¡No importa! «¡Aún flamea en nuestras manos la bandera de la Patria!».
Mandó echar pie a tierra a la caballería, cediendo hasta su propia cabalgadura para el transporte de heridos, de los cuales ninguno fue abandonado. En tal solemnes circunstancias dio un nuevo ejemplo magnífico de su grandeza de alma, poniéndose la fornitura y echando al hombro el fusil del soldado herido al cual había cedido su caballo; y, así armado, como el último soldado de su ejército, se colocó a retaguardia de su columna en retirada, marchando a pie, vigilando el orden entre sus tropas derrotadas. En tan difícil trance, su alma superior se impuso al temor que produce una derrota en la tropa y conservó la disciplina de sus subordinados.
Con celeridad pasmosa, consiguió remontar su ejército en Macha, gracias a los refuerzos que por todas partes le llegaban. Sus pérdidas en Vilcapugio habían sumado 300 muertos y muchos cayeron prisioneros, pero el enemigo perdió de 500 a 600 hombres entre muertos y heridos. Un mes después se había logrado restablecer la confianza y la moral en sus tropas.
El nuevo encuentro se produjo en las pampas de Ayohúma, el 14 de noviembre y la suerte de las armas fue nuevamente adversa al general Belgrano . Tomando en sus manos la bandera celeste y blanca, la hizo tremolar, y haciendo tocar reunión a sus clarines, se replegó sobre Potosí. La recepción que le hizo el pueblo — dice Mitre — «fue grave, digna y melancólica», prestándose a las más hondas cavilaciones sobre lo efímero de las glorias humanas. El 19 de noviembre abandonaba aquella ciudad, dejando solo amistades y gratos recuerdos que perdurarían en la memoria de su nombre respetado.
Sus fuerzas habían quedado reducidas en Ayohúma a 900 hombres, artillería y bagajes, mientras que las pérdidas del ejército real no pasaron de 500 muertos y heridos. Sin embargo, en su marcha de retirada sobre Jujuy, rápido logró reunir 1800 hombres, fuerzas que pronto fueron acrecentadas con dos escuadrones de Granaderos a Caballo y otros cuerpos. El general San Martín marchaba con dos escuadrones de Granaderos a Caballo y otros cuerpos, a la cabeza de los primeros, y en cumplimiento de las órdenes que le había impartido el Gobierno, tomó el comando del Ejército del Norte, quedando Belgrano como simple coronel del Regimiento N°1 .
Se encontraba en Tucumán con el resto del ejército, cuando debió trasladarse hacia la Capital, por haberse iniciado el proceso por las derrotas sufridas en Vilcapugio y Ayohuma. Pasó a Córdoba y después a la Villa de Lujan y a causa de su mal estado de salud, a Buenos Aires, alojando en una quinta próxima, donde empezó a escribir sus memorias. Decretado el sobreseimiento de su causa, en la que intervino San Martín, en diciembre de 1814 fue nombrado conjuntamente con Rivadavia para desempeñar una misión diplomática ante las cortes europeas.
Los comisionados se embarcaron para Río de Janeiro, pues debían entrevistarse con don Manuel José García, que tenía una misión confidencial ante la corte del Brasil, pero los propósitos de este diplomático no fueron aceptados, pues tendían a establecer el protectorado inglés en el Río de la Plata.
Belgrano y Rivadavia prosiguieron su viaje a Europa, llegando a Falmouth, a comienzos de mayo de 1815, trasladándose de inmediato a Londres, donde iniciaron sus negociaciones ante la corte británica, como asimismo ante la de Madrid, pero sus propósitos tropezaron con las circunstancias especiales poi las que atravesaba Europa en aquellos momentos: Fernando VII había sidorestaurado en el trono español y se aliaba a Inglaterra, para combatir de nuevo a Napoleón, que se había apoderado por segunda vez del trono imperial. Por otra parte, Inglaterra estaba poco dispuesta a reconocer la independencia de los pueblos americanos y mucho menos la forma de gobierno republicana.
Estas circunstancias impusieron a Belgrano y Rivadavia a adoptar un temperamento conciliatorio, con el cual creían asegurar por el momento, los beneficios de la libertad y de la independencia: el establecimiento de una monarquía constitucional vaciada en el molde de la constitución inglesa, para fundar el Reino Unido de la Plata, Perú y Chile . Con este proyecto esperaban salvar los obstáculos de la Europa coligada y solidarizada después de la caída de Napoleón en Waterloo .
Los acontecimientos posteriores hicieron comprender a aquellos dos patriotas insignes lo equivocado de sus proyectos. Entretanto, el general Belgrano se puso en viaje de regreso al Río de la Plata, llegando a Buenos Aires en febrero de 1816, y poco después fué designado comandante en jefe del Ejército de Observación, de mar y tierra, encargado de combatir la sublevación de Vera y Artigas en Santa Fe.
Mientras disciplinaba sus fuerzas en el Rosario, trató de llegar a un acuerdo por los medios pacíficos y para llevarlo a cabo nombró a su antiguo amigo el general Eustoquio Díaz Vélez, el cual traicionó la confianza de su jefe, ajustando un pacto subversivo, por el que se estipulaba que Belgrano quedaría separado del comando en jefe y él nombrado en su lugar; la retirada de las tropas porteñas y la deposición del Director Supremo.
En cumplimiento de este pacto, Belgrano fue depuesto y arrestado en su campo y al día siguiente se le intimó que debía retirarse de Buenos Aires. De Buenos Aires pasó a Tucumán, cediendo a las insistentes demandas de algunos congresales que solicitaban el apoyo de sus luces en la obra a que estaban abocados, y una vez allí, este ilustre patricio abogó activamente para que se declarase la independencia de las Provincias Unidas del Río de la Plata.